对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
得了肛瘘对生活质量的影响很大。肛瘘的治疗，有传统治疗和仪器治疗两种。可以采用仪器手术。因为现代人的工作，生活比较繁忙，治疗就要求高效。仪器治疗具有恢复快，无痛，微创的特点，病人术后当天就可以回家，不影响正常的工作及休息。
肛瘘内口的治疗是治疗的关键，手术肛瘘，如果没有发现内口或处理不当，瘘管不能完全治愈，即使伤口暂时愈合，由于内口仍然存在，感染后会复发，再次形成肛瘘。所以在手术之前一定要仔细检查肛瘘内口，必要时需要做肛周磁共振明确内口。
肛瘘是指连接肛管和肛门周围皮肤的感染性管道。它的内口常位于齿状线附近，外口位于肛门周围的皮肤上。瘘管多年未愈。肛瘘内口是最初感染产生肛瘘的入口，是发病的源头。所以肛瘘是有内口的，瘘口长期不能愈合，充分证明了病变内口的存在。
出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用消肿止痛洗剂坐浴或者外涂金黄膏进行治疗。如果在急性发作期可以使用抗生素进行治疗，要注意抗生素治疗一般是在一周之内的。另外可以使用中药治疗，比如萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，内服之后会起到较好的疗效。