肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
肛瘘出现复发，大多数是因为在手术后没有及时的进行换药消毒，再次形成局部的肛周脓肿所致，脓肿破溃就会导致出现肛瘘复发。而肛瘘通过药物保守治疗是无法完全恢复的，目前可以先用消毒药品坐浴处理等炎症消退后需要再次进行手术，手术是唯一能够恢复的方法。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
肛瘘手术后复发可以换药或者是再次手术治疗，经过检查并且做了肛瘘手术以后，现在又有复发的表现，应该进一步的了解，是肛瘘的症状还是其他的原因导致的，平常多吃蔬菜水果以及含粗纤维食物，预防便秘，有助于伤口的恢复。