肛瘘是一种比较常见的疾病，一般分为内口、外口和窦道组织，多数是因为肛腺感染以后形成的窦道。肛瘘一旦发生，如果想治疗，需要手术治疗，如果在肛瘘的早期，可以经过非手术治疗控制感染，减轻症状。经常用温盐水或者1∶500消炎溶液坐浴，也可以用中药进行熏洗，起到清热利湿、消肿抗炎的作用。
肛瘘是肛肠科常见且多发的疾病。肛瘘通常由肛周脓肿本身破裂，或者是人工切开后留下的管道。肛周脓肿和肛瘘是一种疾病的两个过程，而肛周脓肿是肛周软组织感染的化脓性疾病。患有肛瘘要治疗，都应该通过手术来治疗。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
据肛瘘内口位置的高低分为低位肛瘘与高位肛瘘，根据肛瘘内口的多少又分为单纯性的肛瘘和复杂性肛瘘，一般对于低位单纯性肛瘘通常可以采用一次性的切除，对于高位肛瘘或者是高位复杂性肛瘘，通常采用肛瘘挂线治疗。
肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。