婴儿肛周脓肿可能是激素水平过高、肛门腺体数量较多、肛窦炎等原因引起的。
1.激素水平过高：婴儿患肛周脓肿的高峰期是出生后1-2个月，男宝宝患肛周脓肿的概率更高，出生3个月内的男宝宝睾酮水平较高。
2.肛门腺体数量较多：肛门腺体可分泌粘液，润滑直肠。孕期母体内雌激素水平升高，可使婴儿肛门腺体数量增多，大便次数较多。排便时细菌性稀便进入腺体，可引起感染，出现肛周脓肿。
3.肛窦炎：患儿肛门括约肌收缩时，体内炎性分泌物排泄受到影响，扩散至直肠、肛门周围时，就可能形成肛周脓肿。
肛周脓肿是由于肛腺感染引起的，由于肛窦开口向上，像口袋一样，可以存留粪便，容易引起肛窦发炎，感染蔓延至肛腺后导致括约肌的肌间感染，从而引起各种类型的肛周脓肿。需要到医院就诊。
肛周脓肿形成的原因多数是由于肛窦炎感染未得到及时控制，而波及到肛门直肠周围软组织，从而形成局限性脓肿。肛窦一旦感染后，会引起肛门腺感染化脓，炎症向肛周间隙内扩散形成肛周脓肿。
小儿肛周脓肿的原因主要为出现肛隐窝细菌感染，或者是便秘引起的。
小儿肛周脓肿可能是因为小儿的身体还处于发育期，肛隐窝尚没有发育完善，大便或者细菌进入肛隐窝以后，返回的可能性很小，造成肿胀。如果小儿经常出现便秘，或者稀便的情况，因为小儿的身体抵抗力较低，大便或者肠液物质容易在肛周反复摩擦，滋生细菌，引起肛周脓肿的情况。
肛周脓肿手术后，未能及时处理继发形成的肛瘘，肛瘘外口堵塞后容易造成肛周脓肿复发。虽然肛瘘已经通过二次手术，但因为复杂性肛瘘存在着没有处理的内口，也容易引起肛周脓肿的复发。病人本身的抵抗力比较低，比如存在着肝硬化，糖尿病，免疫抑制等合并症。