对于肛周脓肿初期，可以选择手术治疗，将脓肿切开进行详细探查，脓腔的分泌物，留取进行细菌学的化验。另外，要清拭脓腔壁，避免残留。术中可能会有一些出血的发生，手术以后，脓腔首先应该进行填塞。
肛周脓肿多表现为肛周局部红肿、疼痛等症状，大多由细菌感染导致。应到医院检查，对症治疗。平时注意少吃辛热、油腻、粗糙、多渣的食品，忌烟酒、咖啡等。要心情开朗，勿郁怒动火。每次排便后要用温热水将患部洗干净，然后再擦干。
治疗肛周脓肿的过程中，医生会根据患者的病情决定如何治疗。初期的肛周脓肿通常是可以不做手术的，但是需要将农业去除干净。医生会采用穿刺法将脓肿刺破，使脓液顺利排出。还会对造成肛周脓肿的病因来进行药物治疗，也有很好的效果。
一般肛周脓肿是需要手术治疗的。若想保守治疗，是用些抗生素静脉给药，另外在肛肠外科检查血常规，让医生检查一下肛周处的脓肿，是否需要手术。平时禁烟酒，饮食要清淡些，不吃辛辣、刺激性的食物，多吃蔬菜水果，多喝水，保持大便的通畅，穿透气的内裤。
婴儿肛周脓肿早期发现可以采取保守治疗，例如用温热水进行肛门坐浴，或用少量的生理盐水保留灌肠。经常及时给孩子换尿布，保持肛周皮肤清洁干燥。若保守治疗无好转，应及时手术，将肛周脓肿切开引流。目前临床上多选用的是肛周脓肿挂线引流法。术后配合温水或药物坐浴，促进切口愈合，达到治疗目的。
早期肛周脓肿：多食具有清肠热，滋润营养粘膜、通便止血作用的食品，如生梨汁、藕汁、荸荠汁、芹菜汁、胡萝卜、白萝卜(熟食)、苦瓜、茄子、黄瓜、菠菜、金针菜、卷心菜、蛋黄、苹果、无花果、香蕉、黑芝麻、胡桃肉、白木耳等。要心情开朗，勿郁怒动火。心境不宽，烦躁忧郁会使肠粘膜收缩，血行不畅。在每次排便后要用温热水将患部洗干净，然后再擦干。