肛周囊肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗的方法来进行治疗。也可以采取手术的方式对囊肿处进行切开引流。
及时治疗肛周脓肿。一些浅表肛周脓肿可通过抗生素治疗、热水坐浴和局部理疗消除。然而，大多数病人需要手术切开脓肿，充分引流脓肿，并防止其持续蔓延，以减轻疼痛和其他症状。肛肠脓肿伴肛瘘必须通过治疗肛瘘来治疗。
首先做肛诊检查看一下脓肿的程度，如果脓肿很大，周围肿胀疼痛应该及时的手术彻底切开脓肿充分清理冲洗脓液引流才能很快好转的。除非很小的脓肿可以服用抗生素消炎。可以逐渐恢复正常的。
肛周囊肿不会自愈，需要及时的进行治疗手术才能治疗好。肛周囊肿即使是病情比较轻微，也必须要及时的进行治疗。否则病情很有可能加重，并且会蔓延到肛门周围，很容易导致周围组织的破溃，进而形成肛瘘。在将脓液排出后，就可以对疾病起到缓解作用。
肛周脓肿初期症状一般通过肛门视诊、肛门指诊、血常规检查、便常规检查、B超、CT、MRI等检查进行确诊，而且还要根据病人临床表现，比如病人肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、夜不能眠、大便秘结、排尿不畅及里急后重等直肠刺激症状。
平时积极锻炼身体，增强体质，能增进和改善肛门部血液循环，使局部的抗病能力提高，能预防感染的发生，一旦发生肛门直肠周围感染，应及早到正规的医院诊治，并采用有效的抗感染措施，包括全身及局部的治疗，可防止炎症蔓延、扩散，切勿轻信游医成所谓“祖传”的宣传而延误诊断及治疗。