肛周囊肿可以手术治疗，抽脓减压局部消毒，用20ml注射器从脓肿最薄弱处刺入脓腔，抽取脓液，边抽边上下移动针头，直至无脓可抽。本方法可以暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周囊肿一般中医中药无法治好，去医院肛肠外科检查手术治疗比较好，少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗。中药对于脓肿是没有效果的，积极采取手术治疗，不要延误病情。
肛周脓肿是由于肛管直肠周围软组织或周围间隙内发生急性化脓性感染所致。建议出现肛管直肠周围脓肿应及时治疗，少数肛周表浅的脓肿可采用抗生素治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。
肛周脓肿中医治疗效果较慢，效果因人而异，此病是常见的肛门的感染的疾病，主要是在肛门周围的感染，导致形成局部疼痛，红肿，局部皮肤发热的现象。如果形成脓肿，会有波动感，这样需要手术治疗引流脓液，进行抗炎治疗。平时避免吃辛辣的食物，避免喝酒，保持大便通畅。