术后就需要上药。低位单纯性肛瘘术后采用挂线方法治疗。采用单纯切除之后，切口生长情况因人而异，可能要十天到半个月，局部要保持清洁卫生，注意消毒。尽量采用流质饮食，不吃辛辣刺激的食物，保持大便通畅。便后清洗消毒。
便便必须通畅，避免干燥，便后清洗，养成规律排便习惯，饮食清淡，多吃新鲜的蔬菜水果，避免口味较辣刺激以及油腻饮食，戒烟戒酒。对于肛瘘的治疗恢复时间需要看肛瘘的复杂程度，定期复查，换药治疗，请专业大夫检查，了解恢复情况。
肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘，大概两周到三周就能长上，低位肛瘘创口是比较浅的，大概三周左右，就能够完全好，而且饮食上也不需要禁食，不过具体的恢复时间也是因人而异的，手术后积极做好肛门护理，可以温水坐浴或者直接热敷，并多吃可以通便的食物，防止因大便不通畅影响到肛门恢复。
低位肛瘘属于肛瘘中治疗难度相对较低、愈合相对较快，远期治疗效果相对较佳的一种，大多需要在麻醉下行肛瘘切除术，术后需要遵医嘱定期复诊，伤口换药，使用抗菌药物治疗促进愈合。术后两周左右即可恢复。要注意肛门口卫生，便后及时清洗患处，避免吃辛辣刺激性食物。
肛瘘进行手术后，是比较简单的肛瘘，住院10天左右就可以恢复，如果是比较复杂的肛瘘可能20天左右才可以恢复，在恢复期间每天都需要消毒、清洗、换药才可以加快恢复速度。
低位肛瘘手术可以门诊手术，术后7到10天左右可以恢复。术后恢复多久还要看伤口和采用手术的方法，饮食要多喝水，多吃水果蔬菜，香蕉，苹果，猕猴桃，火龙果，芹菜，菠菜，木耳，蘑菇，冬瓜等，少吃辛辣，海鲜，辣椒，牛羊肉等。排便时间不宜过长控制在3到5分钟即可，平时不宜久蹲久站久坐，排便后有温水清洗肛门。