先天性软骨发育不良需要根据病变部位选择不同的治疗方法。如果头部发育不正常，要及时服用钙制剂和维生素D片。如果是胸骨部位的发育异常，这种现象是较为常见的，多会出现胸腔发育较小，胸椎向后凸等现象。还可能表现为手指粗大，下肢长短不一，逐渐出现四肢发育异常，应及时到专业康复机构进行牵引治疗，防止病症加重，影响身体健康。
先天性软骨发育不良应该通常可以采用以下方式进行治疗：
1.如果患者没有明显的临床表现，可以做屈伸运动抵抗电阻练习，主要是加强手指和脚部的肌肉功能，加强肌肉的强度和指脚趾的稳定。
2.如果病变局限，可以通过刮除移植来预防局部复发和恶性变，病变部位是长骨，恶性程度高，需要进行局部骨块或骨段的切除，以免出现恶性变化。
如果症状不严重，就不能治疗先天性甲状腺软骨发育不良。随着年龄的增长，甲状腺软骨逐渐发育，喉逐渐消失。如果症状严重，需要手术治疗。平时可以添加钙补充剂，可以促进儿童甲状腺软骨的发育，适当带孩子去户外活动。
喉软骨发育不良表现吸气性喉喘鸣，哭闹或吃奶时加重，安静状态下减轻，大多在2岁左右症状会逐渐消失。对于这样的婴儿要精心护理和加强喂养，母亲在孕期有四肢酸麻或抽筋。
一般情况下，宝宝喉软骨发育不良可采取手术治疗进行改善，具体内容如下：
会厌、甲状软骨、环状软骨等是最常见的先天缺陷。会厌是一种少见的疾病，它的特点是会厌分叉，甲状软骨发育的时候，由于发育阶段的脊柱与脊柱的中心位置没有完全的融合，导致了甲状软骨裂和甲状软骨的局部缺损，如果出现了呼吸问题，需要进行外科手术，而环形软骨的畸形则是最常见的。
喉软骨发育不良表现吸气性喉喘鸣，哭闹或吃奶时加重，安静状态下减轻，大多在2岁左右症状会逐渐消失。对于这样的婴儿要精心护理和加强喂养，母亲在孕期有四肢酸麻或抽筋情况，应尽早给患儿及其母亲补充足量的钙剂和维生素D，多晒太阳。特别注意预防呼吸道感染和吸入性肺炎。如果极度严重的患儿，出现呼吸道梗阻，需要外科治疗。