肥厚性心肌病患者可以选择药物或是手术治疗。
症状轻微的患者可以选择药物治疗来改善病情的症状，常见的药物有β阻滞剂，能够改善心肌供血，加上使用活血化瘀的中药，促进血液循环。严重的患者可能要采取手术治疗。肥厚性心肌病患者，一般通过心脏B超检查可以发现病情，主要是查看室间隔与左室后壁的比例，正常情况下是1公分，如果超过1.2公分，那么可能就会出现流血道的堵塞，引起晕厥、心脏骤停的情况。
此外，患者在日常生活中，要养成良好的生活饮食习惯，避免情绪波动。
一般情况下，肥厚型心肌病能治疗，但肥胖性心肌疾病不可能完全治愈，只有在控制病情、降低合并症、防止猝亡的情况下才行。肥大心肌病是一种病因未明的心房病变，其特点是心室壁不均匀肥大，经常侵犯到房间隔，使其心室体积缩小。最好的选择是用药，比如用来抑制心跳的β-受体阻断药，这样就可以使心跳保持在每分钟60到65次之间。如果药物治疗无效，可以选择外科手术进行治疗，有较好的治疗效果。
一般情况下，隐性肥胖性心肌病，主要是由彩色超声、MRI等检测结果诊断为肥胖性心肌病，但一般不会出现明显的临床表现，这些患者一般不会出现明显的运动后胸闷、呼吸困难等表现。因为这些病人的平均寿命都很接近普通人，因此需要密切的关注，并经常进行心电图、心脏彩色超声、MRI等，并注意心室肌肥厚的改变，并注意是否出现了其他的临床表现。若没有明显的临床表现，应持续进行严密的随访；若病人有明显的工作呼吸障碍，可用倍他乐克等药物进行处理；若病人有心脏功能不全，应使用抗心衰的药物；若有心室颤动，应使用抗心衰药物，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
一般情况下，对于肥胖型心肌疾病，药物疗法是最基本的，但后期肥胖型心肌病会导致心力衰竭和房颤，因此需要使用血管紧张素转换酶抑制剂、倍他受体阻断剂、强心利尿药等抗心衰的药物；如果出现了房颤者，可以通过使用氨碘酮和倍他受体阻滞药来降低心律失常，降低患者的心跳，降低患者的心脏功能。对于肥胖性心肌疾病，在晚期采用药物是不能有效的，但对于伴有较重的流道性阻塞患者，建议采用外科手术进行室间切开。不能做外科治疗的病人，可以通过经皮穿刺将无水乙醇注射进腔内，形成室腔内的缺血性坏死。晚期心肌炎的病人，在使用药物或房室隔手术后，均无法达到理想的疗效，此时应考虑进行心肺移植手术。
一般情况下，非阻塞性肥胖型心肌病多是没有任何临床表现的，由于肥胖性心肌病是导致年轻人猝死的重要因素，所以要尽量做到劳逸结合，生活中要注意调节自己的心情，不要过于兴奋，如果病人有心悸、疲劳、心前区疼痛等情况，可以服用美托洛尔片、普萘洛尔片等，如果效果不好，可以服用维拉帕米片、地尔硫酸片，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
梗阻性肥厚型心肌病主要是药物治疗。
梗阻性肥厚性心肌病是肥厚性心肌病类型之一，表现在静息下左心室流出道和主动脉峰值压力阶差超过或等于30毫米汞柱的梗阻性。目前对该病的病因及发病机制尚未完全清楚。它的治疗指南建议应用β受体阻滞剂以减少血流，减轻流出道梗阻的压力。在临床工作中，β受体阻滞药常被用于高血压和心力衰竭等疾病。如果对β受体阻滞剂不能耐受或存在禁忌症者，可考虑服用维拉帕米等钙离子拮抗剂来改善症状。对无明显心律紊乱者，可选用非选择性血管紧张素转换酶抑制剂如卡维地洛。但对压力阶差的严重增大，或伴重度心衰，窦缓者慎用维拉帕米，亦可考虑手术治疗。对心功能不全患者来说，需要同时应用其他抗心力衰竭药物才能有效地控制心脏功能。
需要注意的是，具体用药应在专业医师的指导下进行。