一般情况下，儿童肾病综合征病因及发病机制目前尚不明确。
1、免疫系统异常：免疫力低，包括细胞免疫、体液免疫和补体，补体低是肾病综合征症状也是发病原因之一。2、儿童继发性肾病综合征：主要是由于全身性疾病、临床诊断明确的肾小球肾炎以及药物、金属中毒等原因引起肾脏损害而出现肾病综合征。3、感染：免疫系统异常导致免疫力下降，细菌、病毒、支原体甚至真菌、寄生虫等趁虚而入，导致感染。
肾病综合征是因为肾脏的滤过膜发生异常，会有一些原来不能通过肾脏滤过膜滤出的物质现在更多的滤出了。临床上表现为肾脏里漏出大量的蛋白，这就是肾病综合征最主要的症状，由于大量蛋白尿造成蛋白大量流失，从而使血浆白蛋白降低，出现第二个症状低蛋白血症。
小儿原发肾病综合征可能是感染、遗传等原因导致的具体分析如下：
小儿原发肾病综合征好通常好发于学龄前儿童。如果出现反复的呼吸系统感染可能引起小儿原发肾病综合征。小儿原发肾病综合征好通常也与遗传有关，如果家族中长辈存在这种情况，那么子女也可能出现。建议患者及时就医治疗，以控制疾病进展。治疗期间同时注意饮食规律，适当运动。
肾病综合征是指某些肾脏疾病可能出现的一组症状和实验室检查结果的统称。主要是尿中大量蛋白尿，血液中白蛋白的含量降低，高度水肿以及高脂血症。出现了这几种症状，就统称为肾病综合征。肾病综合征是在肾小球受损时发生的，肾脏的结构功能是用来滤过血液的。
肾病综合征是由多种病因引的以大量蛋白尿、低蛋白血症、水肿、高脂血症为其临床特点的一组症候群。可分为原发性与继发性肾病综合征。原发性肾病综合征，病因及发病机理尚未明了。基本病理缺陷是肾小球毛细血管基底膜通透性增加，根据临床表现的不同可分为原发性肾病Ⅰ型和Ⅱ型。病因可能与免疫有关。
肾病综合征是由于免疫复合物沉积肾脏导致的，药物或者食物也会引起肾综，是因为人体器官受到感染的因素，导致体内免疫系统损坏。一些系统性红斑狼疮、过敏性紫癜等疾病对于肾脏功能具有一些隐性损害的因素，其进一步就会发展为肾病综合症。