治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
先天性甲状腺功能低下是儿童期常见的智力障碍性疾病之一。
先天性甲状腺功能低下又称先天性甲减，又称呆小症，一般早期无明显症状，症状出现后可能已为时过晚。一旦出现症状将严重影响儿童智力发育，导致身材矮小、智力低下。若能在2个月内发现，及时治疗，可长期保持甲状腺功能正常，智力基本恢复正常。如果10个月后被发现并治疗，智商只有正常的80%左右。超过2岁后被发现的话，智力发育会下降。
可能会遗传给下一代的，但是现在必须用一些药物进行调理，配合生活上注意。建议平时一定要饮食清淡，多喝水，多吃青菜和追捕，放松心情，规律睡眠，尽量不要熬夜，有情况要及时去医院处理，定期做好复查。不要盲目用药，以免导致不良反应。
先天性甲状腺功能减退症是由患儿先天性甲状腺缺陷或母亲孕期饮食中碘缺乏引起的。
主要表现为体格和智力障碍，孕期胎动可过少。出生体重较重，身高头围正常，但前后轮门大，胎粪排出迟缓，出生后腹胀、便秘、睡眠不足、运动不足，黄疸消退延迟、少食、喂养困难，四肢寒战体温低于35。患者之所以能出现脐疝、呼吸困难，主要是因为舌大而厚，呼吸道黏膜有粘液水肿，气道不通畅，鼻梁低而平，眼距宽，舌大，颜面水肿等特殊面部。治疗主要采用甲状腺激素替代治疗，由于先天性甲状腺功能减退，治疗越早预后越好，有望早期诊断。
甲状腺功能低下是可以治好的，但是要及时补充微量元素，甲状腺功能低下，甲状腺组织，分泌不足所致，临床表现为，容易疲劳，懒动，身体偏胖，怕冷，脱发，月经不调，白带不足，性机能减退现象。
新生儿甲状腺功能低下，也就是甲减，是完全可治的一种疾病，主要是甲状腺素的替代治疗。通常使用药物来进行治疗，口服到两到三年以后，可以考虑可以试停药，有部分患者是可以停药的，停药以后就不需要再服了。但是也有一部分患者需要终身的服药，但是都是可控的疾病，另外在治疗过程中，要注意关注患者的体格以及智力的发育情况。