肾结石和肾囊肿是两种不同的病，是否会引起血尿需要根据病情的严重程度来判断。
两者的发展和肾中央的位置不同，肾结石位于肾盂内，而肾囊肿则在肾本质内，不在排泄体系内。肾结石一般会导致血尿，也可能是肉眼血尿，其具体的程度取决于患者的身体状态，例如混合性的炎性血尿。囊肿通常不会出现血尿，如果囊肿与肾盂肾盏相连，那么就会出现血尿，不过大部分时候都不会出现血尿。而另一种是先天性多囊肾，其内部存在着许多的囊肿，破裂进入肾盂和肾盏时会出现血尿。
一般情况下，肾结石引起的炎症不会造成肾囊肿。具体分析如下：
通常来讲，肾结石引起炎症后，形成的临床后果以肾积水为主。而肾积水和肾囊肿存在明显区别。泌尿系统的梗阻、狭窄、畸形等是造成肾积水的主要原因，使肾脏产生的尿液不能够通过输尿管排出体外。而肾囊肿主要是由于肾实质所分泌的液体不能够被及时的吸收，在肾实质的局部形成潴留造成的。对于这两种不同病症，其治疗方式和治疗策略也会有明显区别。
通常来说，肾结石手术不会引起肾囊肿，具体分析如下：
肾囊肿的发生与肾结石无关，它是由一段肾小管单独形成的，导致一种囊性的变化。一般囊肿直径小于4cm以下都不需要做特殊处理，直径超过5cm的囊肿可以通过腹腔镜下肾囊肿做去顶减压手术，属于微创手术，对肾脏的损害不大。肾结石术后出现肾囊肿，一般不是因为肾结石，而是因为以前的肾囊肿。
针对肾结石，肾囊肿的病人，具体怎么办还是要根据具体结石的病情以及囊肿的病情来决定具体的治疗方法。
要给患者做彩超，CT及其他检查以明确肾结石具体情况和肾囊肿大小及其他病情。在这些方面都要根据患者实际的病情进行具体的分析，这样才能够制定出相应的方案。通常情况下，肾结石如体积较小，梗阻轻者可采用某些药物处理，许多患者都能以保守方式排出结石。如结石的体积较大，也许有必要用手术方法清除肾结石。在临床中通常会选择肾穿刺取石和经皮肾镜取石术这两种方式。肾囊肿通常都属于良性疾病，如体积小患者无症状，然后就能定期观察了，若囊肿超过四厘米，或认为囊肿可能恶变，则应积极手术。
可以先做腹腔镜肾囊肿手术，然后再做体外碎石或输尿管软镜碎石术。可以进行体外碎石进行手术治疗。肾结石合并有肾囊肿治疗上需要根据结石与囊肿大小综合考虑。
通常，肾结石、肾囊肿，不会对怀孕造成影响，但怀孕后，如肾结石或囊肿伴感染或疼痛等，也许会影响妊娠。因此，若患者孕前检查查出肾结石或囊肿，仍建议患者做细致检查，若结石能够在孕前得到治疗则为最佳。
孕期如有肾结石落入输尿管内，导致肾绞痛或频繁重复的泌尿道感染，对于怀孕有一定的影响，有些人甚至可引起流产，连死胎也会发生。肾囊肿通常对于怀孕会有较低的影响，但亦有部分可并发感染，会导致发热，这类患者孕前还需有所防范，减少疾病对身体的危害。