腹腔热灌注化疗副作用有例如，发烧，刺激，疼痛，化疗药物本身有胃肠道反应，抑制骨髓，也就是白细胞减少，免疫力下降。另一种是给药方式，由于是在腹腔热灌注的形式，药物在腹腔内积累，对腹膜有一定的刺激作用，会引起疼痛。
腹腔热灌注化疗虽然存在一个腹膜的屏障，但是这种方法的毒副作用比较大，而且疗程很长，很难忍耐。该方法可以和肿瘤直接接触，有助于抑制肿瘤的生长发育，但是会带来疼痛感，在治疗的时候要注意温度的把握，如果温度过高，体内的正常组织会受到损伤，也不利于正常细胞的生长，如果温度过低则不能达到治疗效果。
腹腔热灌注化疗费用600元-2000元之间的，腹腔热灌注化疗通常不会造成严重的身体不适，用此法治疗疾病能够有效的控制病情，可以抑制癌细胞扩散与转移，能有效的延长的生存期。
可以治疗晚期肺癌、肝癌、食道癌、子宫颈癌等。腹腔内热灌注化疗治疗腹腔、盆腔恶性肿瘤及合并癌性腹腔积液。胸腔内热灌注化疗治疗胸腔内恶性肿瘤及合并癌性胸腔积液。膀胱内热灌注化疗治疗晚期膀胱癌及术后复发。
腹腔热灌注化疗治疗是一类新的治疗肿瘤的手段，这是近年来比较推崇的一个对中晚期腹腔肿瘤治疗较好手段。它是通过将化疗药与热循环结合的技术，把化疗药加热到42℃-45℃，通过特定的循环装置，在腹腔内循环，杀灭腹膜、肿瘤部位的残存癌细胞或者腹腔内游离的癌细胞，达到消灭肿瘤的治疗手段。
由于现代癌症种类越来越多，并且不同患者由于个人体质的原因，有时不能进行化疗或者放疗的情况。本身由于化疗的毒副反应大，如果患者体质较差的话是不能够进行化疗的，所以就出现了一种叫做热灌注化疗的方法。是手术化疗和放疗外的一种新的治疗方法，主要用于卵巢癌、腹腔肿瘤或肺肿瘤的胸腔脏器肿瘤的治疗，通常灌注4次即可，最多不能超过6次。