巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
通常情况下，巧克力卵巢囊肿是子宫内膜异位症。
是指子宫内膜与卵巢发生异位所引起的一种囊肿。子宫腔内的内膜剥脱后呈暗红色，像是巧克力，这种情况出现在卵巢上，称为巧克力状卵巢囊肿。巧克力卵巢囊肿属于双侧，女性在月经期间会有左右下腹疼痛，这是痛经的症状。如果卵巢巧克力囊肿比较小，疼痛比较轻微，可以通过适当的镇痛来减轻；如果是巧克力性卵巢囊肿比较大，可能会出现蒂扭转，但术后很可能会出现复发。
卵巢囊肿会有自己消失的情况。卵巢囊肿根据其大小及性质分为赘生性囊肿和非赘生性囊肿。前者体积较大，一般直径大于5cm，多为病理性增生，不会自己消失，后者多为生理性增生，囊肿体积较小，直径很少超过5cm，囊壁薄，囊液清亮，多会自行消失。
卵巢囊肿的类型和卵巢囊肿是否会自行消失有一定的关系。女性在月经来潮后会出现生理性黄体囊肿。巧克力囊肿、畸胎瘤、恶性卵巢囊肿等是病理性的卵巢囊肿。巧克力囊肿、畸胎瘤超过5cm应尽早手术。卵巢囊肿是恶性的，也要做好术后的病理检查。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
卵巢囊肿除了生理性囊肿外，其他的卵巢囊肿都不会自行消失，需要通过吃药或手术治疗。生理性囊肿直径小于5cm，大部分为滤泡囊肿和黄体囊肿。是不需要进行治疗的，大部分是月经不规律引起的。
巧克力囊肿会引起女性小腹疼痛，痛经，性生活疼痛，阴道内不规则出血，盆腔器官黏连。输卵管阻塞，影响受孕几率，如果长期没有得到有效治疗，会引起女性贫血。巧克力卵巢囊肿属于子宫内膜异位，而子宫内膜异位是导致不孕的重要原因之一。