做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
一般来说，胃镜的检查痛苦相对较重，具体分析如下：
随着医疗技术的发展，现在胃镜和肠镜的检查均可进行无痛操作，也就是在麻醉的状态下对患者进行检查。患者并不会出现明显的不适感。也就不存在肠镜和胃镜哪个更难受的情况。但是如果采用常规的肠镜和胃镜检查，因为没有麻醉和检查方式不同的原因，胃镜的检查痛苦相对较重。
肠镜跟胃镜相比难受的状况还是要看个人的耐受程度，一般肠镜前期准备工作难受点，一开始就要喝泻药然后不停的拉肚子，直接拉水状为止。检查过程中管子由肛门进入检查。而胃镜的前期准备无痛苦，但是检查时管子由口里进入，主要是恶心的难受而不是痛。
相比胃镜，肠镜检查更加痛苦。一方面由于肠道走形更加多变，长度更长，因此检查所需的时间较胃镜更长，有可能需要半小时，而胃镜仅需要5-10分钟。另一方面在肠镜检查的过程中，还需要不断的注入空气或生理盐水，因此可能会持续出现腹痛、腹胀的情况。
一般来说，做完胃镜难受会在两天内消失。
做胃镜的医疗器械在检查过程中会误伤一些粘膜，导致患者出现难受的感觉。患者可以多喝水，心理暗示自己，可以帮助自己尽快消除难受感觉。如果患者做的无痛胃镜，那么麻药过后可能会产生一些恶心、胃胀的副作用，一般两天左右会消失，患者不必过多治疗。做胃镜一般需要患者空腹，效果更好。
一般情况下，做了胃镜之后出现难受的症状，是正常的表现。胃镜之后的1-2天时间会逐渐好转。具体分析如下：
通常来讲，做了胃镜检查后，尤其是普通胃镜，大多数人一般都会觉得不舒服。因为胃镜毕竟是侵入性的操作，但并不需要特别处理，一般在胃镜检查后一两天就会好转。如果需要做胃镜检查，可以选择无痛胃镜。胃镜检查后如果特别不舒服，建议在做完胃镜后不要吃东西，可以先咨询医生，必要时口服泮托拉唑、法莫替丁等胃粘膜保护药物。需注意的是，所有药物要遵医嘱服用。