巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
目前还没有专门的理论来解释卵巢囊肿的原因，但一般和遗传因素以及个体因素有关。
1、遗传因素：女性或外祖母患有卵巢囊肿的后代更容易得卵巢囊肿；
2、个体因素：正常发育时出现的良性囊性肿瘤，比如卵巢畸胎瘤。所有的患者都有不同的原因。
女性在做卵巢囊肿的时候，可以主观的触摸到附件区囊性肿物或者是包块。通过B超、彩超等检查，可以明确腹前区是否有囊性肿块，具体的可以通过磁共振和CT检查来明确。
卵巢囊肿引起的症状有小腹疼痛、小腹不适、白带增多、白带色黄、白带异味、月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿块，有时性交会发生疼痛。当囊肿影响到激素生产时，可能出现诸如阴道不规则出血或毛体增多等症状。囊肿而发生扭转，则有严重腹痛腹帐、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。
卵巢囊肿分为卵巢生理性的囊肿和卵巢病理性的囊肿，生理性的囊肿也就是正常的月经中期出现的卵巢黄体囊肿。生理性囊肿顾名思义是正常的生理现象，不用做特殊的处理，随着月经的结束，卵巢生理性的囊肿都会自然地萎缩、吸收，不必做特殊的处理。病理性的囊肿病理类型是不一样的，包括卵巢浆液性囊肿和卵巢黏液性囊肿等。
如果由于炎症引起的卵巢囊肿，再抗炎治疗，以后大部分都会消下去的，就是如何判断这个卵巢囊肿，很难判断，所以说，如果有卵巢囊肿，在月经干净3到5天做b超，如果有，并且持续三个月，卵巢囊肿直径大于三公分，可以手术治疗。
右侧卵巢囊肿分离生理性的和病理性的，怀孕以后合并右侧卵巢囊肿，另外炎症也会引起右侧卵巢囊肿，输卵管积水。还有如果病人合并有进行性加重性痛经，考虑右侧卵巢子宫内膜异位囊肿。