还是跟自身睾丸先天发育不良，或者后天的一些病理情况引发有一定的关系。可以在医生的指导下，服用一些药物补肾精、促精子发育的中药物理治疗，或者，做精子的筛选，直接做人工授精或试管婴儿的。
需根据发病原因进行针对性的治疗，包括：戒除不良嗜好：忌烟忌酒、忌辛辣刺激，适量运动并保持充足睡眠，避免不良嗜好损伤睾丸功能，导致精子畸形；消除环境因素：远离辐射、污染等居住环境，避免过多接触化工原料；改善疾病因素：积极治疗包括睾丸炎在内的炎症，以及精索静脉曲张。可以服用中药调理，吃补肾益精的中药。
精子畸形可以使用中药来进行调理一段时间，再定期进行复查，平时要多参加体育活动，多吃含有钙，锌等微量元素比较丰富的食物。精子畸形跟男性的体质、营养缺失、环境污染等有关系。常见的原因主要是男性体内缺乏微量元素锌和蛋白质等所导致的。
精子畸形主要是指精子的头部、中部与尾部等出现的形态变异情形，其中，头部畸形主要表现有巨大头、无定形、双头等；中部畸形有体部粗大、折裂、不完整等；尾部畸形有卷尾、双尾、缺尾等。精子高畸形率出现的症状表现为正常形态的精子数明显少于50%。畸形精子超过70%时，应进行染色体检查。精液中有支原体、衣原体感染时，精子活力降低，精子密度减少，畸形精子增多建议正规医院看，效果会比较的好。
如果男性精子出现了畸形的情况，一般是会影响到正常的怀孕的。在治疗上建议通过一下几种方式，一、由生殖道感染引起者，可进行抗生素联合用药，消除炎症解除病因。二、由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，作息规律，戒烟酒。三、男性如果不想进行长时间的调理治疗，可以使用裴尔科密度梯度离心法，分离形态和活力正常的精子，再进行人工授精。
