小肠镜检查操作较为复杂，所以相比大肠镜检查其价格较高。大肠镜的检查费用约为300元，小肠镜的检查费用约为5000元。
小肠镜是一种费时费力的手术方法。小肠镜是观察小肠损伤的关键。目前可以用胶囊小肠镜来观察小肠的病变，这样做会让病人有更好的舒适感，但胶囊小肠镜与肠镜检查存在区别，建议患者遵从专业医生的诊疗方案。
通常情况下，胃肠镜是一种常见的胃肠镜检查方法。是一种与食道、胃镜、结肠镜等检查相媲美的非外科检查金质，可以通过内窥镜直接看到小肠的炎症、溃疡、息肉、肿瘤等病变。另外，还可以进行组织切片、粘膜的染色、病灶的定位，以及对肠镜下出血、息肉、粘膜、狭窄等方面的检查。目前，使用最多的是两种手术方式：一种是双气囊式肠管，一种是一种新型的内窥镜。应结合病情及临床实际选择合适的检测方法。
通常来说，小肠镜检查需要1.5-2小时。
小肠镜检查是最常用于病因不明的慢性消化道出血及各种小肠病的检查和诊断方法，适用于无明显诱因出现腹胀、下腹部明显、腹泻、腹痛等情况，或者CT提示小肠壁增厚，在检查的当天要禁食，检查的前1日晚饭要照常进食，而检查前12小时要用至少3L的水冲服清肠药物来清洁肠道，检查时一般需要1.5-2小时。
电子肛肠镜检查,需要费用1000元左右。
电子肛门镜的费用价格不等，电子肛门镜是肛肠科最常用的检查方法,镜身柔软轻巧，检查时对病人不适感小。可以分为普通的电子肛门镜和无痛电子肛门镜检查，可诊断混合痔、肛裂、肛门脉管炎、直肠炎、肛窦炎、直肠息肉、直肠癌、直肠溃疡、直肠异物等疾病。肛门镜较短，进镜相对顺利，检查时间也短，普通的电子肛门镜检查费用在500元左右,电子肛门镜由于手术中使用的全麻效果，所以费用相对于普通的贵一点，检查费用一般在1000元左右。
一般来说，肛肠镜检查通常在80-100元左右。
肛肠科检查一般包括肛门直肠镜和直肠镜检查，主要就是通过对患者进行清洁灌肠，做好肠道准备，通常患者进行一次肛肠镜检查，合计费用大概为80-100元左右，但是具体的费用通常和当地消费水平、选择的医院等因素有关，建议患者前往正规的医院进行肛肠镜检查，以免出现检查结果有误的情况。
