在妇科疾病方面，高锰酸钾的主要用途就是用来杀菌、抗炎，同时促进伤口的愈合。所以主要就是用于前庭大腺造口手术以后，或者是会阴侧切手术以后恢复不良时来进行坐浴。一般是每天坐浴1到2次，每次坐浴15分钟左右，这时候还可以促进切口处缝线的吸收。其用法就是将高锰酸钾放进温开水里进行稀释，一般是兑成1:5000的高锰酸钾液。
好多女性用高锰酸钾来清洗外阴、阴道。妇科一般建议1:5000的浓度坐浴，用来治疗白带过多、外阴瘙痒；预防泌尿系统感染；痔疮。高锰酸钾是深紫色结晶，可溶于水，因高锰酸钾有杀菌消毒作用，如果长期使用高锰酸钾洗液会将正常寄生于阴道。
一般来说，碘伏和高锰酸钾因为其主要成份和作用都不一样，没有太大的区别。
碘伏的主要成份是活性碘，它是一种杀菌、杀菌的药剂，不刺激皮肤和粘膜，可以对皮肤、伤口、会阴处进行杀菌，因此它的应用范围很广，对病菌、霉菌、孢子等都有很好的杀菌效果。而高锰酸钾是一种很强的氧化剂，主要用于会阴、肛门等部位的消毒。
通常来讲，高锰酸钾和碘伏相比较，碘伏会比较好。
如果高锰酸钾和碘伏做选择，那么碘伏的效果就会更好。因为碘伏是一种外科常用的消毒剂，具有很好的杀菌和消毒的作用，并且对伤口的局部刺激也是最小的，是一种比较温和的消毒剂。痔疮术后常用的是高锰酸钾溶液，平时可以用高锰酸钾溶液来清洗肛门，促进痔疮术后的愈合。因此，碘伏消毒水的作用更大。
一般来讲治疗包皮龟头炎建议每天至少早晚两次泡洗,每次泡洗3-5分钟比较适合,如果时间允许,建议每天增加泡洗次数,比如说每天泡洗3-4次,能够更有效的去除包皮龟头炎。不能够浸泡时间过长，因为高锰酸钾溶液有一定的腐蚀性，时间长了以后会导致龟头皮肤损伤，引起化学性的炎症感染的表现，反而会加重病情的。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。