小儿肠套叠起病原因比较多，但是没有一个具体原因可直接导致肠套叠的发生。临床来讲，较常见的是婴幼儿时期饮食、食物习惯的改变，譬如正在吃母乳，开始改为半流质或者吃粥、米糊类型食物时，因为食物性质改变，肠道消化功能会有一个适应过程，有些孩子出现消化功能紊乱，或者出现肠道蠕动增快，就会导致肠套叠的发生。还有腺病毒感染也会导致肠套叠的发生。平常熟悉的肠炎，细菌性痢疾等有时也会导致肠套叠的发生。
阵发性的哭闹是肠套叠最主要的一个临床表现，会出现反复的发作每次哭闹持续的时间大约在10到20分钟，这是由于肠系膜被牵拉而产生剧烈的疼痛引起的。呕吐、腹部的包块、果酱样大便也是肠套叠早期一个主要的表现之一。到了晚期以后有可能会出现萎靡不振，反应比较低下，有的孩子甚至会出现休克的状态。
一般情况下，小儿肠套叠后的饮食注意清淡、柔软、易于消化。
小儿肠套叠，可能会导致阵发性哭吵、呕吐、腹部包块、果酱样血便、肛门指诊、脱水，电解质紊乱，精神萎靡不振、嗜睡、反应迟钝等症状。建议家长在平时饮食宜清淡、柔软、易于消化、富有营养，如小米粥、软面条、冬瓜、豆腐、番茄、瘦肉、鱼等，通常有利于给小儿补充营养。慢慢适应后，三个月到半年内逐渐增加至正常饮食，少吃难消化食物。
引起小儿肠套叠的原因很多，如病毒性疾病、轮状病毒腹泻、上呼吸道感染等。病理性的如小肠的梅克尔憩室、小肠息肉、小肠重复畸形等。病理性肠套叠的保守治疗效果欠佳，最终都需手术切除。
小儿肠套叠后胃肠功能紊乱，复位后复发的可能性较大，应特别注意饮食调理。饮食要清洁，清淡，易消化吸收，要给予少渣饮食，减少肠蠕动。可以适当吃些牛奶，米粥，鸡蛋，苹果等食物。不要吃过冷过热的食物，不要吃粗纤维含量高的食物。饮食要规律，少吃多餐。