手术是肛瘘的唯一治好的办法。手术要注意将肛门括约肌的损伤减至最低程度，以尽量保护肛门括约功能，避免发生肛门失禁的后遗症，这种复杂性肛瘘术后一般大约需1个半月到2个月左右时间才可完全治好。
如果肛瘘诊断已经明确，那么成年人的肛瘘基本上都得通过手术进行彻底的治疗，肛瘘属于人为切开以后所遗留下来的管道，所以无论是肛周脓肿还是肛瘘，都要进行手术，必要时将瘘管周围瘢痕走之，同时切除使伤口至基底向上逐渐痊愈。
肛瘘必须通过手术才能治疗好。肛瘘有一个内口，一个外口，内外口之间还有一个瘘管。手术时要注意处理好内口，还需要完整地分离出内外口之间的瘘管，这样才能彻底治疗肛瘘。
患有肛瘘，药物治疗的效果不是很好，尽量还是手术治疗，可以选择三级以上医院进行手术治疗，术后护理很快就会恢复，通常多喝水，多吃蔬菜水果。少吃辛辣食物，尽量保持大便通畅，防止便秘，不抽烟不喝酒，不熬夜，工作和休息规则。
肛瘘是必须要做手术医治的，这是唯一一种可以治愈肛瘘的办法，平时使用的药物，只是可以起到缓解和控制的作用，不可能治愈的。注意肛门口的清洁卫生，便后温水清洗肛门口。