糖皮质激素副作用主要表现有向心性的肥胖，出现满月脸、水牛背、痤疮、多毛、高血钠和低血钾、高血压、水肿、高血糖，还有糖尿病加重、肾上腺皮质功能减退，甚至萎缩、闭经、肌肉消瘦、无力、骨质疏松、股骨头坏死和精神症状等。
长期服用糖皮质激素会导致骨质疏松，因为糖皮质激素会影响体内钙的稳态，抑制小肠对钙和磷的吸收，增加肾脏对尿钙的排泄，导致继发性的甲状旁腺功能亢进和体内缺钙，抑制新骨骼合成，影响骨骼新生。
传染性非典型肺炎患者应用糖皮质激素治疗。糖皮质激素能够很好的改善，出现的炎症也能够对于肺部的损伤得到缓解。出现肺部损伤或者肺纤维之后，也可以通过激素类的药物能够缓解自身的免疫功能。患者出现这种症状之后通常会伴有中毒，也会引起高热不退的现象，因此需要及时观察自身的体温，以免出现其他的并发症。如果出现了急性肺损伤的现象，也需要选择糖皮质激素类的药物。
长期服用糖皮质激素突然停药，会引起激素反弹，使原有症状加重，应逐渐减量至停用。饮食尽可能广泛多样化，多吃高蛋白优质蛋白食物多吃蔬菜水果。应该避免生冷辛辣等不良刺激。
糖皮质激素对人体有益又有害，具有双面性，因为长时间服用大量的糖皮质激素会诱发或者加剧胃和十二指肠的溃疡；诱发细菌感染；诱发高血压、动脉粥样硬化；诱发糖尿病、癫痫、精神病等，还会导致骨质疏松、肌肉萎缩、多毛、皮肤变薄、高血糖、低血钙，影响儿童的生长发育，过度使用会造成丧失劳动能力。停药后会造成肾上腺萎缩，功能障碍等。
糖皮质激素乳膏有皮炎平软膏、氟轻松软膏、复方倍氯米松樟脑软膏、丙酸氯倍他索软膏、丁酸氢化可的松软膏、糠酸莫米松软膏等。这些软膏是皮肤科常用的外用药，有抗过敏、消炎、止痒、减轻皮疹等功效。