碎石对于肾也是存在有一定的创伤，但相对比手术创伤会小的很多，激光碎石只要方法运用得当，掌握得当，不会对肾造成多大的伤害，如果对于体积较大较复杂的结石，可能需要多次治疗后，肾会有一定的损伤。
肾结石使用体外冲击波碎石时，对肾脏存在轻微的伤害，所以不能长时间进行体外冲击波碎石，否则可能会引起肾单位缺失或者肾脏纤维化，甚至造成肾功能衰竭等。在碎石的频率上不能过于时间集中的进行碎石，至少要间隔7天以后才能进行第2次碎石，而且反复碎石的频率从原则上尽量不要超过4次，如果碎石超过4次以上结石没有任何变化，不建议再继续碎石，建议采用其它方式。
体外碎石对肾是有一定的伤害，包括出血、肾进行性的损害，肾萎缩，有的甚至会出现血肿、肾破裂，甚至还有个别报道超声波把脾或者肝也打碎了，这都有可能。所以不但是对肾有伤害，对周围脏器也是有伤害，所以体外冲击波碎石并不是一个完全无创的治疗方法，所以患者和家属一定要小心。
碎石对肾脏有一定的伤害，但是伤害都比较小，碎石几乎都会出现肉眼的血尿，血量的多少与碎石所用的能量成正比，还与患者局部毛细血管的脆性有关，正常一般都是2-3次血尿，严重的患者2-3天之后血尿也会自行消失。
微创碎石在正常操作下对肾脏伤害不大，如果操作不当则会对肾脏造成极大伤害。
微创碎石是我们通常所说的体外碎石或体外冲击波碎石，当肾结石较小且位置比较好对焦、定位的时候，精准击碎石头则对肾脏伤害很小；如果肾结石较多且位置容易偏移，则需要多次、大范围的进行治疗，则可能对肾脏造成比较大的伤害，甚至引起肾脏出血。
做微创碎肾结石的患者需要到正规医院泌尿内科或者肾内科找医生诊断后，再根据病情进行治疗；术后注意卧床休息、清淡饮食并增强营养、术后三天适当运动促进结石排出。
这种碎石对肾脏并没有实质性的一个损伤，属于微创治疗的一种。到专业的泌尿外科或者是结石科来做出一个明确的判断，要根据这种结石的位置和大小的不同来选择不同的治疗方式，碎石以后要注意多饮水，有利于较小的结石排出体外。