预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
肛瘘手术后前面两天还是吃稀饭、面条这种少渣饮食，控制大便。第三天就可以正常的饮食，就是不要吃辣椒、胡椒这类东西。再一个吃东西要注意不要大油，免得拉肚子。所以肛肠科的病人术后大病管理一定要管理好。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
手术以后的饮食就非常重要，首先要进食容易消化的食物，多吃水果和蔬菜，尽量保持排稀便，纠正便秘，适当的进行功能锻炼。并且要避免暴饮暴食，每次在排便之后要及时的进行清洗，并且找医生进行换药。
大便时不可突然排出，以免伤口因受到外力骤然改变而出现剧烈的疼痛症状。在大便前可在伤口表面及肛门涂抹软膏，以减轻大便对伤口的摩擦和刺激，大便后应当及时保持局部清洁。