治疗原则积极治疗原发病，多采用抗感染药物及手术治疗。治疗方针积极治疗原发病，多采用抗感染药物及手术治疗。肛瘘是肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗的感染，可能和痔疮或者是肛周脓肿反复发作形成了多个瘘口等不良现象，一般低位肛瘘可以采取挂线保守治疗。治疗后应该注意彻底复查多补充粗纤维食物，保持肛门周围局部卫生，清淡饮食，多补充新鲜水果和蔬菜，润肠通便，防止便秘，减少痔疮和肛周脓肿的发生。
低位肛瘘，属于比较简单的肛瘘，最有效的治疗办法是进行手术，可以选择瘘管切除或者切除缝合术。因为肛瘘属于慢性感染性疾病，多继发于肛周脓肿，反复迁延不愈导致的。在手术以后，应该注意定期进行换药，尤其是在每次排便之后，及时进行清洗，清除创腔或者创面表面的分泌物，及时应用碘伏进行消毒。
低位肛瘘与高位肛瘘症状是一样的，主要表现是肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。确诊是需要行肛门指诊或直肠镜检查，治疗是需要手术治疗的。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。