部分患者在感染甲流后会出现咽痛的临床表现，此时可以服用抗流感的药物进行治疗。
中医认为流感属于“疫病”范畴，咽痛多由外感温热之邪熏灼肺系，郁热上熏口咽所致，治疗多以“清瘟解毒，宣肺泄热”为主，常用药物有连花清瘟胶囊。
连花清瘟胶囊以张仲景《伤寒论》麻杏石甘汤合吴鞠通《温病条辨》银翘散为基础方，卫气同治，表里双解；汲取吴又可治疫病用大黄的经验，先证用药，截断病势；配伍红景天清肺化瘀，调节免疫；广藿香芳香化湿，顾护脾胃；组方体现了两千多年中医治疗疫病的用药经验，可有效治疗甲流患者咽痛、发热、肌肉酸痛等症状。
甲流引起的浑身酸疼可以通过使用抗病毒药物、口服解热镇痛药物等方式来缓解症状。
1、使用抗病毒药物：西药可以选择奥司他韦、金刚乙胺等药物，中药可选择连花清瘟进行治疗。连花清瘟针对流感患者肌肉酸痛、发热或高热、头痛、咽干咽痛、鼻塞流涕等症有效；多项实验研究证实其对甲型流感病毒（H1N1、H3N2等）、乙型流感病毒等都有很好的抑制拮抗作用。
2、使用解热镇痛药物：如布洛芬、对乙酰氨基酚等药物。需要注意在联合使用药物时应在医师指导下服用，并密切关注各类不良反应，如有不适及时就诊。
甲型流感引起的头痛，使用抗流感的中成药治疗一般比较好，比如临床常用的连花清瘟胶囊。
甲流患者出现头痛的症状，是因为流感病毒侵犯机体后出现炎性物质刺激头部的痛觉末梢神经，或是发热造成头部血管扩张所致，多表现为头部胀痛，有时还会伴有发热、肌肉酸痛、乏力等症。
临床对于该症的治疗，多使用连花清瘟胶囊，该药是中成药，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，现代药理角度对甲型流感病毒、乙型流感病毒等多种呼吸道病毒都有抑制作用，还可抑制炎症反应、调节机体免疫功能，有利于消除病因，同时加强机体抗病能力，促使流感引起的头痛、发热、肌肉酸痛等不适症状尽快得到改善。
由于甲流病毒会导致呼吸道黏膜上皮细胞受损，诱发广泛的气道炎症反应，故甲流患者通常会出现咳嗽、咳痰等症状。部分患者的上皮细胞修复功能较弱，咳嗽的持续时间可能也会比较长。此时宜尽早选择对症药物治疗，如连花清咳片。该药可起到抗炎抗病毒作用，能够有效阻断病毒引起的气道炎症反应，通过抑制病毒复制以减轻气道黏膜上皮细胞受损情况，有助于促进痰液清除，保护气道黏膜。患者一般在用药当日，即可见到咳嗽、咳痰等症状明显缓解，持续用药一段时间，有利于缩短甲流咳嗽病程，提升呼吸功能。
除服用药物外，应做好日常饮食调整，比如吃一些具有止咳作用的水果（如梨、枇杷等），都有助于病情的缓解。
由于甲流病毒会导致呼吸道黏膜上皮细胞受损，诱发广泛的气道炎症反应，故甲流患者通常会出现咳嗽、咳痰等症状。部分患者的上皮细胞修复功能较弱，咳嗽的持续时间可能也会比较长。此时宜尽早选择对症药物治疗，如连花清咳片。该药可起到抗炎抗病毒作用，能够有效阻断病毒引起的气道炎症反应，通过抑制病毒复制以减轻气道黏膜上皮细胞受损情况，有助于促进痰液清除，保护气道黏膜。患者一般在用药当日，即可见到咳嗽、咳痰等症状明显缓解，持续用药一段时间，有利于缩短甲流咳嗽病程，提升呼吸功能。
除服用药物外，应做好日常饮食调整，比如吃一些具有止咳作用的水果（如梨、枇杷等），都有助于病情的缓解。
甲流通常会引起头痛的症状，可以通过服用抗病毒药物治疗或物理的方式缓解。
1、药物治疗：因为是甲流病毒感染引起的头痛，首先可以进行抗病毒治疗，可服用奥司他韦或连花清瘟等药物。其中，连花清瘟是中成药，具有清瘟解毒、宣肺泄热的功效，对甲型流感病毒、乙型流感病毒等多种呼吸道病毒都有抑制作用，能够治疗流感引起的头痛、发热、肌肉酸痛等不适症状。如头痛比较严重的话，也可使用解热镇痛药对症治疗，需要注意有药物联用的时候，需要在医师的指导下用药。
2、物理治疗：甲流患者常会伴有发热症状，发热也会导致头痛，所以可通过物理降温方式缓解头痛，比如用温水擦浴、睡冰枕、戴冰帽、敷退热贴等降低体温，体温降低头痛也会有所缓解。同时也可按摩头部穴位舒缓头痛。