支原体感染临床症状为尿道刺痛、瘙痒，尿道口分泌物少，多需用力挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量粘液性分泌物。支原体感染主要引起泌尿生殖道感染，潜伏期为1-3周。
出现支原体感染导致的咳嗽，很有可能会发生上呼吸道感染，往往会有鼻塞、流鼻涕、嗓子疼、咽干、声音嘶哑的表现，还会有咳嗽和咳痰，但是咳痰量往往是比较少的或者单纯出现刺激性干咳，需要服用药物进行治疗。
大多起病不急，有发热、厌食、咳嗽、畏寒、头痛、咽痛、胸骨下疼痛等症状，以发热和咳嗽为主要表现。体温在37℃～41℃，大多数在39℃左右，可为持续性或弛张性，或仅有低热，甚至不发热。多数咳嗽重，初期干咳，继而有痰，偶含少量血丝，有时阵咳稍似百日咳。偶见恶心，呕吐及短暂的斑丘疹或荨麻疹。这些都是支原体感染的症状。
肺炎支原体感染最常见的症状以咳嗽为主，随着病情的进一步发展，会出现一些白色粘液痰，如果病情没有得到控制，痰液会变得更加粘稠。当患者确诊时，肺炎支原体感染，经常会出现胸痛的症状，让患者深呼吸时病情会进一步恶化。如果发生在大人的身上，很多人在肺炎之前就已经患上了呼吸道感染。身体在出现肺炎支原体感染时，体温会变得很高，类似这种情况，如果发生在婴幼儿身上，可能会危及婴幼儿生命。
女性支原体感染以后，症状因感染部位而异。
若为泌尿生殖器感染，则可有尿频，尿急等症状、也有尿痛，若为宫颈感染，可有白带增多，浑浊等，宫颈水肿状况；若为呼吸道感染，可有咳嗽。
该病具有自限性，大部分病例未经治疗即可自愈。如果症状严重，可以采取喹诺酮类抗生素治疗。
支原体感染者的症状和支原体感染的部位相关。
支原体感染往往是肺炎支原体感染，出现发热、头疼、咳嗽、虚弱等症状，或泌尿生殖道支原体感染吗，发生尿频，尿急，尿痛，排尿困难，尿道灼热感等不适。另外，在皮肤黏膜，中枢神经系统、心血管系统、骨关节系统也可能会有不正常表现。