通常情况下，儿童慢性结膜炎用抗生素滴眼液比较好。
儿童慢性结膜炎比较常见，可能是不注意眼部卫生、用眼不良等因素引起的，家长可以在医生的知道下给儿童使用妥布霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等眼药水比较好，具有抗菌、消炎的作用，能够有效缓解症状。此外还可以用红霉素眼药膏，通常也能缓解儿童慢性结膜炎的症状，通常副作用比较小。
儿童过敏性结膜炎可以用色甘酸钠眼药水、左卡巴斯汀眼药水进行治疗。儿童过敏性结膜炎的主要症状是眼睛发痒、发红，遇到特殊情况时会出现更严重的反应，此时可以选择色甘钠眼药水或左卡巴斯汀眼药水等，如果有需要，可以选择含有少量的荷尔蒙的眼药水。平时尽量避免接触到过敏源，如果孩子对花粉有敏感反应，最好避免到高花粉量的地方。
一般情况下，妊娠妇女都会使用一些抗菌药物来治疗疾病，如青霉素类、头孢菌素等。
抗生素对细菌性结膜炎有优良的疗效，对病毒性结膜炎的治疗虽然无效，但还有防止细菌感染。在怀孕期间，由于胎儿的不断发育，身体抵抗力会越来越弱，很容易受到病菌和病毒的侵害而引起炎症，导致眼部发炎或视力下降等症状。因此，孕妇患结膜炎的话，眼药水和眼药膏都要专人专用。另外，在用药时要注意避免使用刺激性药物和激素类眼药品种，因为激素有刺激眼部黏膜和结膜细胞生长等不良反应。
一般情况下，治疗儿童结膜炎的眼药水有盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、利巴韦林滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶等。
如果是细菌性结膜炎引起的，这种情况可以遵医嘱使用抗生素类的滴眼液给儿童使用，比如盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。如果是病毒性结膜炎引起的，这种情况通常需要遵医嘱使用抗病毒的药物进行治疗，比如利巴韦林滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶等。如果是过敏性结膜炎造成的，则可以遵医嘱给儿童使用色甘酸钠滴眼液或者盐酸氮卓斯汀滴眼液进行治疗。
一般随着医疗卫生条件的不断改进，儿童沙眼的发病率已经明显降低，如果怀疑是儿童沙眼，还是取结膜囊的分泌物进行化验，如果化验出沙眼衣原体往往就能确诊是沙眼，沙眼最典型的表现就是眼睛发红，同时会有角膜血管翳，严重的会有疤痕性的睑内翻，平常的时候千万不要揉眼睛，并且眼睛往往会有异物感，如果怀疑有沙眼，一定要积极的进行治疗。
大多数婴儿结膜炎是由细菌、病毒或衣原体感染等病菌引起的。细菌感染结膜炎可用妥布霉素眼药水、泰利必妥眼药水。干扰素、阿昔洛韦。更昔洛韦等药物，可用于病毒感染引起的结膜炎。红霉素眼药水可用于衣原体感染引起的结膜炎。另外，如果是过敏性结膜炎，可以选择糖皮质激素类的眼药水，如色甘酸钠滴眼液、帕坦洛滴眼液等。具体用什么眼药水，建议带婴儿去医院做眼科检查，在医生指导下使用药物。