通常情况下，儿童脑炎好了头疼可能是脑炎的后遗症。具体情况分析如下：
脑炎是大脑实质的急性炎症，一般会出现发热、恶心、呕吐、意识模糊、头疼等症状，如果儿童之前的病情较为严重，或者未及时进行治疗，可能会出现儿童脑炎好了头疼的情况，家长可以按照医嘱给儿童使用安宫牛黄丸、清热醒脑灵丸、安脑丸等药物进行治疗。家长还可以按摩儿童的头部，缓解儿童的头疼。
感冒的时候机体有炎症的表现，在各种炎症刺激物作用下，会刺激脑血管收缩，导致脑部相对缺血，由于脑组织对缺血缺氧很敏感，故常会出现头痛症状。平时放松心情，避免过度紧张焦虑，饮食清淡易消化，忌食辛辣刺激腥发食物，多吃新鲜蔬菜，积极锻炼，增强体质。
浑身骨头疼是因为病毒或者细菌感染引起的一种中毒症状。这时候就需要口服清热解毒的中成药进行初步的治疗，及时增加饮水，增加排毒次数。感冒时由于体内内源性物质如前列腺素分泌增加，也会出现头疼，浑身酸痛等症状。
感冒好了还咳嗽的原因通常是出现了细菌感染。比较常见的细菌感染，有咽喉炎、支气管炎等，出现这些炎症之后会导致咳嗽和咳痰的现象，因此会伴有反复发作的症状，需要在医生指导下选择抗炎的方式进行治疗。在进行抗炎治疗时，也需要做好自身的调理，不要吃油腻和辛辣的食物，要多喝温开水。恢复期间还需要适当的锻炼身体，能够增强自身的抵抗力。
问题分析：出现头疼考虑跟感冒病毒有关，因为病毒会引起头痛四肢酸痛等一系列的症状。
指导建议：建议需要吃一些感冒药物，例如莲花清瘟颗粒，板蓝根，蒲地蓝消炎片或者口服液。如果头痛厉害可以吃布洛芬缓释片，多注意休息，不要劳累熬夜，多吃一些新鲜的蔬菜。
