肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道，肛瘘必须及时手术治疗，找到内口，切开引流排脓。肛瘘最严重的症状是导致肛门功能下降，甚至造成大便失禁。所以肛瘘需要早期需要尽早治疗。
肛瘘的症状有流脓、肿痛、肿块、瘙痒以及全身症状，要看发作时的轻重程度。有时流脓呈周期性发作，时有时无，脓液比较少，有时不疼。当脓液积存于管腔内引流不畅时局部胀痛，脓液流出后疼痛又马上减轻。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
肛瘘的严重症状是会导致肛门潮湿，引起瘙痒，挤压外口有脓性分泌物，可扪及一条索状瘘管通向肛门。一般肛瘘都是由于肛周脓肿切开引流后或者自行破溃后导致的，根据肛瘘与肛门括约肌的关系，分为高位肛瘘和低位肛瘘，高位肛瘘采取肛瘘挂线手术，低位肛瘘可以采取瘘管切除手术。术后需要加强创面换药，预防假性愈合。