女性衣原体感染的治疗主要有药物治疗、手术治疗等。
1.药物治疗：四环素，多西环素，红霉素，阿奇霉素，克拉霉素等一线治疗药物是肺炎衣原体感染的首选药物。四环素类、大环内酯类药物治疗沙眼衣原体感染。
2.手术治疗：沙眼后遗症和并发症的治疗，滤泡多的挤压术，睑内翻和倒睫者手术矫正。手术治疗合并尿道狭窄、女性不孕等。
患者应根据医生的判断，避免自行用药，选择适合自己病情的治疗方法，以免延误病情，防止病情恶化。遵照医生的指示进行治疗和用药。
肺炎衣原体阳性通常需要使用药物进行治疗。
肺炎衣原体阳性者提示机体内存在肺炎衣原体感染所致疾病，会导致气管炎、咽炎、扁桃体炎等疾病。肺炎的病情会使人体浑身发热、酸疼、声音沙哑等，咳嗽及其他症状。衣原体感染者可使用大环内酯类的药物，如红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等进行抗感染治疗。
衣原体阳性可以通过药物治疗、生活护理等方式来改善。
如果衣服原菌呈阳性，可以考虑进行药物的抗菌药物。常见的是阿奇霉素、罗红霉素和红霉素等大环内酯；眼睛有衣原体的炎症，可以选择用红霉素眼油。如果是比较严重的，可以通过静脉输液来进行。还可以口服多西环素、克拉霉素等药物。
妇科衣原体可以通过药物治疗、生活护理等方式来治疗。
患者感染衣原体，可能会引发生殖器出现感染，患者可以在医生的指导下使用阿奇霉素、红霉素或四环素等药物进行治疗，平时还需要注意卫生，保持良好的卫生习惯。并且在治疗期间，避免发生性行为，以免出现交叉感染的情况。同时，伴侣也可以一同进行治疗。
霉菌性阴道炎是由念珠菌引起的一种常见多发的外阴阴道炎症性疾病。对单纯性外阴阴道念珠菌病选择局部用药为主，一般用药后2-3日症状减轻或消失。每天保证充足的睡眠，不要熬夜，注意把握好性生活频度。
妇科腺肌症可以通过手术或是药物进行治疗。
妇科腺肌症需要根据患者自身情况进行判断，如果患者已经有孩子的情况，且没有再次生育的前提下，可以采取子宫切除手术进行治疗。如果患者不愿切除子宫，也可选择服用孕三烯酮药物进行缓解，还需定期检查肝功能。如果症状较为严重的患者，建议采取子宫切除术进行治疗，避免影响自身正常生活。
