可以采用手术治疗方法，良性卵巢囊肿的手术治疗，卵巢囊肿切除术，尤其是绝经前多采用此种术式，输卵管卵巢切除术，适用年龄较大或绝经后的，恶性卵巢囊肿的手术治疗，多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，也可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
卵巢组织成分非常复杂，是全身各脏器原发肿瘤类型最多的器官。同时卵巢也是胃肠道恶性肿瘤，乳腺癌，子宫内膜癌等的常见转移部位。最常见的卵巢囊肿为上皮性肿瘤，来源于卵巢表面的生发上皮，晚上发上皮来自原始的体腔上地，具有分化为各种苗勒管上皮的潜能。
生理性的卵巢囊肿多是因为内分泌失调引起的黄体囊肿或是卵泡不破裂等疾病引起的。病理性的卵巢囊肿可以分为普通的卵巢囊肿以及巧克力囊肿，囊肿原因有内分泌失调或者是长期炎症刺激，如果是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症或者是炎症刺激引起的。
卵巢囊肿与女性长期的饮食结构密切相关，如带有激素成分的家禽。以及部分女性滥用诸如丰乳、减肥、缓解衰老等的激素类药物和滋补品，使卵巢囊肿呈高发性、年轻化发展趋势。生活习惯不好、心理压力过大等因素。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
人流后突然长了卵巢囊肿可能是生理性囊肿一般月经来潮后会自己消失的。巢囊肿主要是因为内分泌失调导致的，所以流产后出现卵巢囊肿，是与流产后引起的内分泌失调有关，也就是生理性卵巢囊肿。如果是生理性卵巢囊肿暂时可以不进行处理，在内分泌恢复正常后可以自行消失。