CA199是一种糖蛋白，属于肿瘤的标志物，所以高度怀疑患有胰腺癌时，作为首选检查项目。患有其他消化道肿瘤时，CA199也升高，如肝癌、胆管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌等，但其特异性没有胰腺癌的高。但并不是说CA199高就得了癌症，有时在某些非癌症的疾病的时候，也会引起CA199的升高，这种升高大多是轻度升高，如慢性胰腺炎、肝脏功能衰竭时、胆结石、肾功能不全时，有时CA199呈一过性或轻度升高。
糖类抗原CA199是胰腺癌和胆囊胆管癌的标志物。对于胰腺癌或胆管癌或结肠癌在治疗过程中如果出现CA199在原来的基础上有了明显的增高，须详细检查是否出现了肿瘤复发或转移。另一方面胰腺炎、阻塞性黄疸、肝炎、肝硬化、支气管扩张等也会出现CA199的偏高。因此未得过肿瘤，如果出现CA199偏高，也应该做相关的检查排除相关的良、恶性疾病。
糖类抗原125是肿瘤标志物之一。CA125过高临床上多见于卵巢癌，乳腺癌，胰腺癌，胃癌，肺癌等活其它妇科肿瘤，有些非恶性肿瘤如子宫内膜异位症，盆腔炎，肝炎等疾病也会有不同程度的升高，但阳性率较低。
一般情况下，月经期检查会导致糖类抗原CA125偏高。具体情况分析如下：
女性来例假时出现了子宫内膜剥脱，可能是由于女性在经期出现了应激性CA125升高，因此女性做CA125的时候要注意避免出现在经期。导致CA125升高的主要因素有：子宫内膜异位症、卵巢巧克力囊肿、子宫内膜异位症、卵巢巧克力囊肿等。此外，卵巢癌、肝癌等恶性肿瘤也会增加。CA125升高后需要确定病因和相应的药物。
CA125是一种来源于胚胎体腔上皮的糖蛋白，升高多见于上皮性卵巢肿瘤的患者，但对于卵巢肿瘤的诊断，它的特异性却不高，在结核性腹膜炎的患者中，CA125也可升高至数十倍，所以单纯CA125的升高并不可以诊断为卵巢肿瘤，可以用B超进行辅助检查。
这种物质含量数值可以用于辅助诊断乳腺癌，但是它的特异性不高，一些良性疾病也可能引起这种数值的升高，例如肝脏、胃肠道、肺、乳腺等良性疾病，也可能是其它类别的癌症，例如肺癌、结肠癌、胰腺癌等。