肛门瘙痒有许多原因。最常见的原因是痔疮、肛裂、肛瘘和其他肛周疾病引起的肛周分泌物增多，刺激肛门周围的皮肤并引起瘙痒。肛门周围皮肤的其他主要疾病，如肛周湿疹，也可能导致肛门瘙痒。
肛门瘙痒有可能跟痔疮或者肛门的清洁度比较差有关系。可以去做一个肛肠镜检查，如果排除了痔疮可以平时多注意清洗就是了。平时一定要注意饮食清淡，每天定期的排便，多吃水果蔬菜。
肛门瘙痒是由肛门湿疹引起的，肛门瘙痒不能用热水来清洗屁股，不仅治疗不好，反而还会加重病情，瘙痒会加重。不要用手抓痒，因为手指甲上面含有很多的细菌，一旦抓破了细菌便会趁机而入。饮食也要注意，不要过度食用辛辣刺激性食物，如辣椒、高度酒等。
肛门瘙痒最常见的就是肛周的慢性感染性疾病，包括痔疮以及肛瘘，在查体的时候会发现肛门口有明显的肿物，甚至有异常的分泌物和异味，而肛瘘的发生原因多继发于肛周脓肿治疗不及时，或者肛腺感染反复发作所导致，所以说应该系统的进行手术治疗，将瘘管切开切除，也要定期进行创口换药，促进创面的愈合，注意肛周的卫生。
到当地正规的医院检查治疗，肛门指诊时可以在肛内齿线处触及到硬节或凹陷，或按压瘘管时有脓液流出。而大部分病例的内口很隐蔽，或是闭合的，这就需要先找瘘管或外口，然后再顺藤摸瓜。方法有六，看、摸、探、灌、照、切。这些方法针对不同瘘管，各有适应范围，有时一种方法就能找到，有时需要几种共同配合。