不可配伍的药物：二性霉素B、青霉素类、头孢菌素类、氯霉素、红霉素、肝素钠、钙制剂、磺胺嘧啶钠和含维生素C的复合维生素B。避免与以下药物联用或相继使用：卡那霉素、新霉素、多黏菌素、巴龙霉素、链霉素、速尿、利尿酸。
硫酸新霉素为氨基糖苷类的抗生素，口服避孕药物长期合用可导致避孕失败，并增加出血的概率。可影响洋地黄、氟尿嘧啶、甲氨蝶呤、维生素a、维生素b12的吸收，使疗效降低。硫酸新霉素不宜与其他肾毒性的药物及耳毒性药物合用。与神经肌肉阻滞药合用时，可增加神经肌肉阻滞的作用，导致骨骼肌软弱等。
本品不宜和抗凝血的药，比如双香豆素，肝素，以及溶栓药同用。抗酸药，比如碳酸氢钠等可以增加本品自尿中的排泄，使血药浓度下降，也是最好不要一起使用。本品和糖皮质激素，如地塞米松等，一起服用，会增加胃肠道不良反应。
林可霉素是消炎药，主要治疗敏感葡萄球菌属、链球菌属、肺炎链球菌及厌氧菌所致，引起的呼吸道感染、皮肤软组织感染、女性生殖道感染和盆腔感染及腹腔感染等疾病。其用药途径有口服给药、肌内注射、静脉注射等方法。其不良反应有腹痛、腹胀、腹泻、发热、恶心、呕吐、食欲不振、皮疹，哮喘等。胃肠疾病慎用，1月以下婴儿禁用。
阿莫西林与氨基糖苷类药(如庆大霉素、卡那霉素)、环丙沙星、培氟沙星等药属配伍禁忌。阿莫西林是一种最常用的半合成青霉素类，属于广谱的β-内酰胺类抗生素，为一种白色粉末，所以输液的时候，有一定的配伍禁忌。
可引起消化道反应，如恶心、呕吐、舌炎、肛门瘙痒等。长期使用可致伪膜性肠炎，此由于难辨梭状芽胞杆菌滋生引起，其先驱症状为腹泻。遇此症状应立即停药，必要时可用万古霉素治疗。