环磷酰胺的毒副作用与剂量相关。常见较轻的副作用有脱发、恶心和呕吐，但其引起的骨髓抑制、膀胱毒性、性腺毒性和致癌危险则较为严重。此外，环磷酰胺还有肝功能损害、出血性膀胱炎的副作用。因此，应用环磷酰胺过程中要密切监测血常规，肝功能，尿常规。
烟酰胺的副作用相对比较少见和轻微。副作用主要是容易出现皮肤相应位置的瘙痒，皮疹可以高出皮肤表面，也容易导致皮肤发热发红，极其少见的就是引起肾功能损害尿酸偏高，也容易出现心律失常，心动过速等情况。使用过度也会出现消化吸收障碍，上腹部疼痛，恶心呕吐，甚至是高血糖的表现，正常使用剂量是不会有太大问题。
副作用是会引起皮肤的刺激，出现发红、发肿等过敏反应。同时如果机体皮肤过于敏感，也容易使用烟酰胺时出现过敏现象，甚至会出现头晕、恶心等症状。应先在耳后进行皮肤过敏测试。
复方环磷酰胺片副作用有很多，在使用的时候一定要在医生的知道下去使用，比较常见的副作用会出现恶心，呕吐的情况，出现不适的症状一定要停药治疗，购买药的时候要去正规的药店购买。
环磷酰胺主要的副作用是骨髓抑制，包括会出现恶心、呕吐，也有可能会出现出血性的膀胱炎，产生水中毒，也包括生殖系统的毒性，也会发生继发性的肿瘤、脱发、消化道反应、口腔炎等。所以，不要盲目的自行用药。
复方谷氨酰胺肠溶胶囊服用后会出现便秘、腹泻、呕吐，胃部不适等的副作用，复方谷氨酰胺肠溶胶囊可以改善肠道的吸收、分泌运动功能；增强肠粘膜屏障功能，减少肠内细菌及毒素入血；促进受损肠粘膜的修复及功能重建。
