会有复发的可能性。主要是看手术后恢复的怎么样。一定要按照医嘱吃药。和术后恢复。胃肠道间质瘤是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，有良恶性之分，目前有手术和化学药物疗法。
小肠间质瘤，如果得到积极的治疗，是可以治好。一般良性的小肠间质瘤生长速度相对比较缓慢，基本不会出现淋巴结核远处的转移。如果能及时发现，进行手术切除可以完全治好，获得良好的生存期。间质瘤良恶性的分化跟肿瘤的大小有关。一般超过5cm，肿瘤逐渐出现恶变，可以认为是恶性的间质瘤。恶性间质瘤容易出现复发，甚至破裂，治疗相对比较麻烦。手术切除之后，可以服用靶向药物，也可以得到良好的治疗效果。
通常而言小肠间质瘤恶性程度较胃的恶性程度高其复发转移的几率高。手术切除后如果护理不到位，会有转移和复发的可能性。要定期去医院复查看是否有复发。同时也要按时吃药，防止复发的情况出现。需要继续服用抗癌药物并且定期去医院复查看是否有复发。同时也可以在中医的建议下，吃些中医调节下机理，恢复机理平衡。
胃肠道间质瘤是比较容易复发的，特别是一些高危患者，如5公分以上，核分裂>5/50高倍，手术的时候有破溃，非常容易复发。所以这也是术后推荐靶向治疗的原因。术后复查是非常重要的，因为比较容易复发，做过胃肠道间质瘤的手术以后，如果是中高危的患者，术后1个月开始靶向治疗，每3个月做B超，CT6个月左右做1次。胃镜或者肠镜1年左右做1次。2-5年之间每半年做1次复查，5年以后每1年做1次复查。
胃间质瘤危险，可以通过手术根治性切除者，通常也不进行活检。不能根治性切除、联合脏器切除者，可以考虑进行活检，采用内镜下超声引导活检，引起肿瘤播散的风险较小。如果选择经腹腔穿刺活检，可造成肿瘤破裂、出血甚至肿瘤播散的风险，需予以避免。
