小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
感染性原因：需考虑是否是秋季腹泻、轮状病毒或新病毒感染引起，细菌性原因：如细菌性痢疾感染，包括伤寒、沙门菌感染等。过敏性因素：如对奶粉蛋白质过敏，会表现为腹泻，伴有湿疹的情况。如给予止泻处理，腹泻症状改善不明显，需进行过敏检测。
宝宝腹泻的原因：细菌、病毒、寄生虫等病原体的感染。一次或长期超量喂食造成婴幼儿胃肠道负担过重，以致食物在胃肠内消化吸收障碍而出现的腹泻。感冒或泌尿道发炎也会引起腹泻。
小孩腹泻需先确认病因为何，如果是细菌感染就要做抗感染治疗，如果是非感染型腹泻，则需调整孩子饮食即可，要保证饮食的清洁、细软利于患儿吸收。另外如果孩子在腹泻时有脱水症状，则需做补液治疗。
婴儿腹泻的原因多种多样，常见原因如下：母乳营养成分较高，超过婴儿正常营养需求，出现腹泻。如果不采用适当的饲养方法，则给婴儿带来的饵料的量过多，或者量过少时，有可能引起腹泻。婴儿消化系统发育不良时，消化酶分泌量减少，活力下降，如果大量摄取营养，消化道的负担就会变大，引起腹泻。
