可以先做腹腔镜肾囊肿手术，然后再做体外碎石或输尿管软镜碎石术。可以进行体外碎石进行手术治疗。肾结石合并有肾囊肿治疗上需要根据结石与囊肿大小综合考虑。
肾结石疼痛可以使用以下方式治疗，具体分析如下：
肾结石的疼痛表现为体位变化，结石下行时可能会有腰腹部胀痛，治疗疼痛的方法有很多。比如应用山莨菪碱、间苯三酚、黄体酮等解痉止痛的药物。也可以使用体外碎石术。另外，肾结石可以通过微创手术来解决，比如经皮肾镜和输尿管软镜，具有创伤小、出血少、恢复快等特点，可以在短时间内出院。
有左肾部结石的症状是不会引起右腰部胀痛。而左肾结石只会引起左侧肾区部位有明显的绞痛，或者是胀痛的症状。而右部的胀痛，主要与右侧的腰部肌肉、筋膜或者是右肾部的结石有关。
肾结石晚间疼痛多是由于尿路痉挛导致的疼痛，也有可能是躺卧的姿势挤压到结石部位出现疼痛，这种时候可以吃止痛药缓解一下疼痛，再者也可以是换个姿势，还要保持充足的饮水。每一天坚持适当运动锻炼，尤其是跳跃运动，有利于结石的排出。
去医院进一步检查，以便对症治疗。肾结石的治疗主要包括药物治疗和手术治疗。如果结石相对较小，则选择药物治疗。如果结石相对较大，则应在体外排出结石，然后通过多喝水，多运动和排尿来清洗结石。
一般通过经皮肾镜手术进行治疗，该手术的方法主要是在超声或者射线定位的情况下穿刺皮肤进入肾脏肾盂内，扩张建立通道，把肾镜经通道插入到肾盂内，在激光或者气压弹道的作用下，打碎结石。输尿管镜手术是经过尿道，膀胱，输尿管把输尿管镜送入结石的部位，将结石打碎。