牙菌斑的危害是龋病和牙周病，牙菌斑时间一长会形成牙结石，所以要进行洗牙，可每半年到一年一次。平时配合刷牙，用牙线清洁牙与牙之间缝隙。牙菌斑会引发龋病，龋病俗称“虫牙”，这里的“虫”指菌斑中的细菌。牙菌斑牢固地附着在牙面上，细菌摄入唾液中的糖，分解糖产酸，这些酸会破坏牙齿，最终成洞。
自己在家是没有办法清理牙石的，需要专业的医生和专业的设备才可以进行。千万不要用手或者任何家用工具清理牙石，有可能导致牙齿表面有划痕或者牙龈出现破损感染，而且即使清理掉牙石以后也无法光滑牙面，牙石很快又长上来了，百害而无一利。
牙菌斑严重的可以选择超声波洁牙机洁治，或者手动去除牙菌斑，是口腔内的细菌斑块，不能被刷牙或者漱口去除，牙菌斑粘附于牙面或牙间的软的还没有被口腔唾液钙化的细菌群体，菌斑控制可以通过刷牙去除，刷牙是控制菌斑最有效的方法。
牙齿上面有牙结石要通过洗牙去除的，到牙科去做超声洁牙进行治疗。牙结石的存在会刺激牙龈导致牙龈萎缩，长期的刺激会导致牙槽嵴萎缩。平时注意口腔卫生，饭后漱口，早晚刷牙。
牙结石形成之初，清洁口腔或刷牙很容易清除等到钙化之后就不易清除了，可以去医院通过超声洁治器进行去除。另外在生活中要勤刷牙，及时清除食物残渣，注意饮食，合理营养、粗细搭配，少吃甜食及黏性很强的食物，吃零食后及时漱口。
牙菌斑的去除方法有很多种，最常见的方法是通过刷牙去除牙菌斑，刚吃完饭以后如果做菌斑染色，会发现在牙面上大部分都是牙菌斑，但是这些牙菌斑通过刷牙的方法可以完全去除，菌斑染色的部位都可以去除。