尿道衣原体感染一般不能自愈。
衣原体尿道炎如果不能自己痊愈，可以通过尿道分泌物进行细菌培养，再进行药物敏感性测试，选择敏感的抗生素进行治疗，可以治愈尿道炎，但不太容易自愈。患者可遵医嘱使用四环素、红霉素、阿奇霉素、氟喹诺酮类等药物进行治疗。
生殖道衣原体感染一般要治疗两周的,但治疗期间是可以工作的，通常不需要住院治疗。
由于衣原体的存在，会引起尿道炎、盆腔炎、输卵管炎等部位的炎症，对于不同部位的感染，治疗效果不一样。对于衣原体感染的患者，临床多选择四环素类、大环内酯类抗生素，阿奇霉素、红霉素、多西环素、米诺环素等最为常见。
尿道衣原体感染通常建议服用抗生素类药物。
衣原体引起尿道感染属于非淋菌性的尿道炎，对衣原体比较敏感的抗生素主要包括阿奇霉素片、左氧氟沙星片、环丙沙星片等药物。具体用药建议去正规医院在医生指导下选择合适的药物，抗生素治疗一定要坚持以保证基本清除尿道当中的衣原体，使感染得到控制。
衣原体感染通常需要治疗7-16天，具体时间存在差异性。
衣原体感染的患者可能会出现尿道炎、阴道炎、肺炎等局部炎症，可能会导致患者的机体健康受到影响。建议患者及时治疗，通常需要治疗7-16天，可以使得患者的病症恢复，但如果患者的病症严重，则治疗时间可能会延长。
此外，患者应该避免熬夜，以免影响恢复。
没有一个确切的数据表明，衣服菌的病情会好转，一般需要2-4个星期甚至更久。
衣原体的感染要在药物敏感性测试的基础上，选用敏感的药品进行处理。常用的阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素、氧氟沙星、多西环素等都是比较敏感的，都具有较好的治疗效果，患者需要选择合适的药物进行治疗。
四环素类药物、奎诺酮类药物是临床上治疗衣原体的重要药物，服用完药两个星期就能痊愈，停用一星期再来复查，如果是阳性就是痊愈了。
至于何时能够痊愈，还要看病人自身的状况，如果抵抗力差的，则需要很久才能痊愈，患者需要积极配合医生进行治疗，不要延误病情。