小肠间质瘤首选的治疗方法是手术切除，对肿块体积较小的倾向为良性的间质瘤，可考虑行内镜下或腹腔镜下切除，但需要考虑到的是所有的胃肠间质瘤均具有恶性潜能，如果切除不充分则有复发和转移的危险。
通常而言小肠间质瘤恶性程度较胃的恶性程度高其复发转移的几率高。手术切除后如果护理不到位，会有转移和复发的可能性。要定期去医院复查看是否有复发。同时也要按时吃药，防止复发的情况出现。需要继续服用抗癌药物并且定期去医院复查看是否有复发。同时也可以在中医的建议下，吃些中医调节下机理，恢复机理平衡。
如果能及时发现，进行手术切除可以完全康复，获得良好的生存期。超过5cm，肿瘤逐渐出现恶变，可以认为是恶性的间质瘤。恶性间质瘤容易出现复发，甚至破裂，治疗相对比较麻烦。手术切除之后，可以服用靶向药物治疗，会得到良好的治疗效果。
进行生物疗法来治疗。是来自生物体自身的并可通过调动机体固有的防御功能去抵御肿瘤的一些分子和细胞，它们既是机体对内、外环境刺激应答的效应机制，也是机体维持内环境稳定的重要因素。
小肠间质瘤，如果得到积极的治疗，是可以治好。一般良性的小肠间质瘤生长速度相对比较缓慢，基本不会出现淋巴结核远处的转移。如果能及时发现，进行手术切除可以完全治好，获得良好的生存期。间质瘤良恶性的分化跟肿瘤的大小有关。一般超过5cm，肿瘤逐渐出现恶变，可以认为是恶性的间质瘤。恶性间质瘤容易出现复发，甚至破裂，治疗相对比较麻烦。手术切除之后，可以服用靶向药物，也可以得到良好的治疗效果。
小肠间质瘤不一定是绝症。癌症肿瘤一般分流两种良性肿瘤和恶性肿瘤。只有恶性肿瘤才是通常所说的癌症。可以到医院做一个病理检测就可以知道小肠间质瘤是良性肿瘤还是恶性肿瘤。这样也方便后期的治疗。