乙肝小三阳肝功能异常，表明体内乙肝病毒对肝细胞已构成损伤，或受周围环境的影响而诱发，可以通过药物治疗、日常护理等方式进行处理。
患者需要及时就医，并且根据自身情况进行合理用药，同时还应该做好心理上的护理工作。建议病人在发现自己的疾病后，马上去正规的医院进行检查和治疗，以免耽误病情，因而错失了治疗的最佳时机。如果没有及时得到诊断的话，可以继续服用保肝药物进行治疗，同时也可以配合使用抗病毒药物进行治疗。治疗过程中必须遵医嘱，切勿自行随意停药，以免影响疗效。同时要定期复查一下肝病指标，及时进行调整。
此外，平时要注意休息和进食，可以增强身体抵抗力。
轻微的肝功能异常是妊娠期一种正常的生理反应，无需进行特殊药物处理，可以通过适当的饮食和生活方式干预，避免进一步加重。减少熬夜，饮食以清淡，易消化为宜，勿进食过多的大鱼大肉类食物以及油炸，油煎的食物，不要进食过多的腌制食物。若怀孕期间肝功能明显异常，可能有妊娠期胆汁淤积综合征，妊娠期合并病毒性肝炎等疾病，需要进行系统的检查，明确诊断，规范恢复。
在妊娠期，由于内分泌的调节、营养的增加或一些早期妊娠反应，可能会出现肝功能异常。此外，随着妊娠期的延长，肝脏将承担更多的代谢功能，从而增加肝脏负担和肝功能异常。如果平时没有基础肝病，可以注意观察，这是必要的。
肝功能异常要及时用药控制，否则病情加重的还有可能导致肝硬化，肝腹水等疾病。平时要注意饮食清淡点，多喝水，多吃新鲜水果蔬菜，禁忌辛辣刺激的食物，忌烟酒，增强体质。定期复查肝功能。
肝功能异常需要进一步查找肝脏损害的原因，并且给予保肝治疗。那么考虑肝脏有损害。是否需要手术治疗，取决于导致肝脏损伤的原因。如果是占位性的疾病，那么就需要手术治疗。平时要注意休息，给予高蛋白食物摄入。避免过劳。
乙肝小三阳肝功能异常的治疗尚没有特异性，主要的治疗是抗病毒治疗，恢复肝功、抗病毒、阻止肝纤维化三结合。没有一种药物可以直接杀灭乙肝病毒，而自身的免疫系统可以清除乙肝病毒。应恢复肝功能，免除肝功能持续损害，避免肝硬化的发生。