多重耐药菌治疗的时间根据个体差异病程不尽相同，病程的长短与基础疾病和感染的部位以及机体抵抗力有关。基本其他基础疾病较轻，身体机能较好的，感染症状不重。按照药敏结果合理用药，1到2周就会治愈。
院内感染应该是病人在住院期间发生的感染，住院期内获得的感染，出院后才发病的感染，而患者住院前应该没有出现感染的情况，此类感染针对病人而言，可能还是没有严重参照流程规则进行。属于自身的人为因素。
一定要置于单人房间，建立隔离标记。限制活动范围，如果需要转院时必须采取严格、有效的措施，减少污染。密切接触时必须要戴口罩，进行可能污染工作服的操作时要穿隔离衣，离开病房时要脱下隔离衣并且洗手。要遵循严格的手部卫生管理，要认真执行六步洗手法。接触血液、体液、分泌物和排泄物时必须戴手套，脱手套后也必须洗手。要每日做好环境的清洁和消毒的工作。
多重耐药菌主要是接触传播，比如污染的手、污染的医疗用品，还有污染的医疗器械等。多重耐药菌对人体的伤害非常大，主要原因在于对很多抗生素都有抵抗作用，也就是各种抗生素或者大量抗生素都无法消灭多重耐药菌。
多重耐药菌感染患者首先要单间隔离，也可选择同种病原体感染的患者同一病房隔离，实在没有条件的情况下也可床旁隔离，要有隔离标识，体温计、血压计等诊疗用品要单独使用，用后要消毒。
多重耐药菌感染应检测细菌对所有可获得抗菌药物的敏感度进行药敏试验。根据药敏实验结果及不同的感染部位，综合抗菌药物的敏感性和抗菌药物在感染部位的聚集浓度选择合适的抗菌药物治疗。