治疗慢性附睾炎一般可以进行药物治疗、手术治疗。
1.药物治疗：慢性附睾炎主要是由于急性附睾炎没有完全根治，并且经常复发。慢性附睾炎的临床表现比较轻微，检查时会发现附睾部位有硬结，局部有压痛感，附睾不平滑，精索可能会变得更粗，此时可以口服敏感的抗生素，多喝一些水，这样可以有效的缓解病情。
2.手术治疗：但是，如果复发或者是抗感染的药物无效，可以选择手术摘除。
慢性附睾炎多数是由急性附睾炎未彻底治愈并反复发作演变而来，少数是长期轻度感染引起。慢性附睾炎症状较轻，查体时附睾区可有硬结，部分有压痛，附睾不光滑，精索可出现增粗。慢性附睾炎容易复发，治疗仍首选抗感染治疗，发作时做尿培养检查，选择敏感抗生素治疗，足疗程治疗，同时需要多休息，多饮水，大部分可以控制症状。
慢性附睾炎应根据细菌培养及药敏试验选择药物。局部热敷或理疗，以促进炎症消退。对于反复发作的慢性附睾炎，可考虑附睾切除或输精管结扎，平时应该吃一些抗菌消炎的食物和吃清热解毒的食物，还有能增强免疫力的食物。
主要有几个治疗方法：物理治疗法、饮食疗法、附睾炎手术疗法等，在治疗上就应该多听听临床医生意见。附睾炎的治疗中慢性附睾炎常和慢性前列腺炎同时存在，所以，一般慢性附睾炎治疗措施与慢性前列腺炎相同，治疗前列腺炎的同时可使慢性附睾炎的症状缓解，附睾炎愈合后遗留附睾硬结，有时可造成病人的思想负担。
慢性附睾炎治疗方法也是比较多，可以抬高阴囊，这样阴囊处于比较高的位置，可以减少局部疼痛。局部可以热敷，用热毛巾，或者热水袋进行局部热敷，促进局部的血液循环，加速炎症的吸收。
可以做阴囊B超和血液的检查。如果是细菌感染引起的，需要用消炎药。平时不要喝酒，也不要吃辣椒等食物。避免临床症状加重。需要在当地医生指导下服用药物。注意个人卫生。