新生儿衣原体感染后，经过积极治疗一般要一个多月才会痊愈。
新生儿衣原体感染后可以口服喹诺酮类、大环内酯等药物，同时还要注意对新生儿进行护理，还需要注意身体的保暖，对患者进行常规的跟踪和检测，以确定治疗的疗效，如果出现病情反复，需要及时采用注射药物治疗。
新生儿衣原体感染严重。
新生儿衣原体感染可会导致新生儿出现结膜炎、肺炎等病变，引起眼睑水肿、低热、气促、咳嗽等症状，一般发生于出生后5~14天，初期为粘液，随后迅速化作脓性，并且还有部分临床表现以鼻充血、咽炎等上呼吸道感染的症状为主，一般不会出现发热的症状，也不会出现明显的中毒症状。
一般情况下，新生儿衣原体感染会有呼吸道症状、结膜不适等症状表现。
1、呼吸道症状：新生儿衣原体感染主要出现呼吸道症状，如发热、咳嗽、咳痰、咽部不舒服、重症肺部感染，也可能出现呼吸困难和呼吸衰竭。
2、结膜不适：结膜分泌物初为浆液性，很快变成脓性，眼睑水肿明显，结膜充血显著并增厚，严重的可能也会影响视力。
一般情况下，新生儿衣原体感染的治疗方法有，使用药物、日常护理等。具体内容如下：
1.使用药物：家长应及时带新生儿前往正规医院就医，在医生指导下使用红霉素软膏、阿奇霉素片、利福平滴眼液等药物进行治疗。
2.日常护理：家长还应注意新生儿的日常护理，保证新生儿的清洁卫生，还应给新生儿准备充足的母乳或奶粉，改善生活环境，促进新生儿的身体恢复。
男的衣原体感染可以吃大环内酯类药物、四环素类药物等。
1、大环内酯类药物：常用的药物为红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等。对衣原体的感染具有很好的控制作用。
3、四环素类药物：该类药物有盐酸多西环素分散片、土霉素片等。可以起到很好的抑菌杀菌作用。
肺部衣原体感染，可以服用红霉素或罗红霉素。
红霉素这种药物具有抗感染、消炎的作用，可以在医生的指导下服用，一般服用两周以上，可以减轻身体的不适，防止呼吸道感染。如果使用红霉素会导致过敏，可以口服罗红霉素。
患者可以在饭后服用，这样可以减少对肠胃的不良影响。