一般情况下，遗传性果糖不耐受症会有呕吐、恶心等症状表现。
遗传性果糖不耐受症的患儿症状出现一般开始在断奶之后，摄食含有果糖或者是能在体内分解成果糖的蔗糖食品，主要的临床表现是在进食过程之后的二十到三十分钟，会出现呕吐、恶心等症状表现。患儿临床表现严重程度与醛缩酶B的突变类型无关，而与摄食情况、年龄、文化和饮食习惯有关，年龄越小，症状越严重。
乳糖不耐受的婴儿常常会出现一些明显的胃肠道症状，包括肠鸣，呕吐，腹部，胀痛，腹泻，排气等。大部分宝宝都是在摄入乳糖后半个小时至几个小时内发生。严重的乳糖不耐症的患儿常会因此而出现生长发育受影响的情况。
新生儿乳糖不耐受主要症状是腹泻每日数次至10余次，大部分患儿肠道气体多，常带出少量粪便在尿布上。大便多为黄色或青绿色稀糊便，或呈蛋花汤样，泡沫多，有奶块，少数患儿有回奶或呕吐。患儿还会伴有腹胀和不同程度的不安、易哭闹，排便或经治疗后腹泻好转。
宝宝乳糖不耐受症状主要表现为婴幼儿腹泻，会引起胃肠道功能紊乱，长期大便不成形，首先要明确病理性因素或者其他感染非感染性因素引起的消化系统疾病，进行鉴别诊断，明确病因以后针对病因进行调理以及治疗。
母乳乳糖不耐受是指宝贝缺乏小肠黏膜乳糖酶，导致服用乳汁后，消化吸收出现障碍，从而引起胃肠道不适症状。先天性的乳糖酶缺乏与遗传有一定的关系。常见的临床症状有腹泻、腹胀、肠鸣音亢进等。
乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌过少不能够完全消化或分解母乳以及奶粉中乳糖所引起的腹泻，如果宝宝的大便次数不多，不影响生长发育，是不需要特殊治疗的，可以选用无乳糖配方的奶粉等腹泻缓解后，逐渐增加母乳喂养的次数。