首先源于感染因素，比如长期肛瘘不进行治疗，反反复复发作形成多瘢痕，长期肛周脓肿反反复复发作，形成瘢痕后直肠失去弹性，也会形成肛门直肠狭窄。长期腹泻会引起括约肌痉挛，从而导致肛门直肠狭窄，另外肛裂也会引起肛门直肠狭窄。
肛门直肠狭窄的儿童，如果影响正常功能，可以按照医生的建议采取一些肛门扩张手术。平时，应该给孩子的腹部做顺时针方向的按摩，并适当饮用一些温水。母乳喂养的孩子的母亲也应该注意他们的饮食。他们应该多吃芹菜菠菜、黄瓜、苦瓜、鳄梨和火龙果，主要是含有更多粗纤维的食物。
直肠狭窄排便困难是可以用药物进行消毒治疗，之后就会有所缓解的，但是平时的饮食也要注意调整的，不能吃太辛辣刺激性的食物，要多吃水果和容易消化的食物，不要造成便秘，还要定期的排便。
轻度肛门直肠狭窄是可做保守治疗，可先吃润肠通便药物，同时采用中药外洗，由于炎症引起的，可用适量激素保留灌肠，还可进行扩肛治疗，使肛门逐渐扩大，若是严重，可采用手术治疗，平时可以适当进行缩肛训练。
直肠狭窄可以采取手术治疗，)挂线疗法，适用于直肠下段的环状狭窄，要点是用橡皮筋挂在狭窄环上，紧线后勒开狭窄环，或者是直肠内切开缝合术，切断狭窄环，切除疤痕组织后，将上下方黏膜分离后，牵拉覆盖在创面上缝合。