孩子指甲凹凸不平，常见的原因主要包括长期的缺乏营养，贫血或者是体内缺乏辛硫蛋白质等微量元素，可以做微量元素检测，可以明确。指甲凹凸不平，还有可能是灰指甲，因为真菌感染可以破坏甲床。
指甲凹凸不平可能与外伤、营养不良、银屑病、特殊行业等因素有关。
1、外伤：指甲局部受到外伤，属于一过性的损伤，可能会出现指甲不平的现象。
2、营养不良：另外如果身体缺乏微量元素以及缺乏必要的营养物质，造成了营业不良，也会导致指甲的凹凸不平。
3、银屑病：银屑病患者会出现指甲凹陷的特征。多由真菌引起的，真菌侵犯指甲部位后，指甲的表面开始感染，形成凹凸不平的改变。
4、特殊行业：特殊行业的人群，指甲长时间接触一些特殊的化学物质，也可能会造成指甲凹凸不平。
手指上凹凸不平首先要除外局部磕着碰着引起的，然后再来根据身体是否有其他症状判断是否与某些疾病相关，如糖尿病、麻疹、肺炎、外周血管疾病、腮腺炎等，但也不能通过单一症状得出结论，建议进行相关检查再行确诊。
指甲表面凹凸不平主要是见于微量元素缺乏，补充钙剂，应该注意日常不要偏食，平时除食用富含动物性蛋白质的肉、蛋、禽类等，宜多进食一些含脂肪、碳水化合物（即淀粉、糖类等）较丰富的食物，还要适当多吃一些豆制品及蔬菜、瓜果等。
手指甲凸凹不平常因为维生素微量元素缺乏有关，建议要饮食清淡规律加强营养，不要挑食，补充维生素微量元素，注意手指清洁卫生，适当手指活动按摩活动促进循环，必要时可以考虑就诊检查明确病因。
如果只是指甲表面出现了一些细微的凹凸不平，并没有出现指甲的颜色和形状变化，可能与营养不良有关，建议到医院检查血常规、血清蛋白、电解质等。甲霉菌病是由于指甲的凹凸不平，还伴随着指甲的混浊、增厚，甚至出现了破损和皮屑。甲真菌病即灰指甲，建议到正规医院皮肤科做真菌培养、菌丝检查，如果有必要，可以做病理检查。甲下组织和甲板上的真菌会感染灰指甲。